生信自學筆記（五）計分矩陣的實例

氨基酸替換矩陣 PAM 替換矩陣 PAM（Point Accepted Multation) 是基於進化的點突變模型產生的，如果兩種氨基酸替換頻繁，說明自然界接受這種替換，那麼這對氨基酸替換得分就高。一個 PAM 就是一個進化的變異單位, 即 1% 的氨基酸改變，但這並不意味 100 次 PAM 後，每個氨基酸都發生變化，因爲其中一些位置可能會經過多次突變，甚至可能會變回到原來的氨基酸。 PAM

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