Linux下BLAST+的本地化（BLAST 2.2.29+）

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Linux下BLAST+的本地化(NCBI-BLAST 2.2.29+):

1.  下載軟件BLAST:

   在如下網址  ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ 

   下載:   ncbi-blast-2.2.29+-x64-linux.tar.gz （根據本身的操做系統選擇）。

 

2.  解壓:

    解壓後放在任意目錄下均可以，把相應路徑加入PATH變量就是。

    好比解壓到用戶的主目錄(/home/yonpen)下，把解壓後的文件夾從新命名爲blast，則BLAST+的全部程序在目錄/home/yonpen/blast/bin下。

 

3.  添加環境變量:

打開終端（Terminal），切換爲root用戶，執行vim /etc/profile （須要瞭解Vim編輯器的基本命令）。

在最末尾添加：

export PATH=/home/yonpen/blast/bin:$PATH

保存退出。（環境變量的值由Blast所在路徑決定。）

此處若成功，註銷之後執行blastn -version會出現版本信息（必定要先註銷或重啓電腦）。

 

4.  新建:

在目錄/home/yonpen/blast下新建一個文件夾，命名爲db 。

在/home/yonpen下新建一個文件，命名爲.ncbirc 。（文件名是以點號開頭的）

在文件中添加內容：

[BLAST]

BLASTDB=/home/yonpen/blast/db

 

5. 下載FASTA格式的數據庫:

 ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/

以下載nr.gz。

 

6. 創建BLAST+可用的數據庫:

 打開終端（Terminal），切換到/home/yonpen/blast/db目錄下，執行（以蛋白質庫nr爲例）：

makeblastdb  –in nr  -parse_seqids  -hash_index  -dbtype prot  

(須要本身輸入，複製這行命令可能不行，不知道爲何)

 

7.  使用程序:

如使用psiblast

在目錄/home/yonpen/blast下新建3個文件夾，分別命名爲pssm,input,output

設待查詢序列所在文件的名字爲a.fasta（一個文件放一條序列，且必須爲fasta格式）

執行命令：

psiblast  -comp_based_stats 1  -evalue 0.001  -num_iterations 3  -db nr   -query input/a.fasta  -out output/a.txt  -out_ascii_pssm pssm/a.pssm