blast備忘錄

一、假如 hit strand 爲 -1，那麼，常見序列頭部覆蓋不徹底的現象。

不知道有沒有辦法避免，或者有沒有互補的辦法？

二、Query coverage

• Question: Biopython - calculating query coverage and Identity
• Tiling HOWTO
• 較新版本的 ncbi-blast+ 的 blasttable 等格式能夠直接輸出 qcovs, qcovhsp。

三、縮寫

• HSP: High-scoring Segment Pair