本地blast的安裝

1 下載程序

在ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/下載 ncbi-blast-2.2.25+-x64-linux.tar.gz

2 解壓 如解壓到用戶的主目錄(/home/***)下，把解壓後的文件夾從新命名爲blast，則BLAST+的全部程序在目錄/home/***/blast/bin下。

3 添加環境變量 打開終端（Terminal），切換爲root用戶，執行vim /etc/profile 在最末尾添加export PATH=」/home/***/blast/bin:$PATH」，保存退出。

或直接找到/etc/profile這個文件，在最末尾添加export PATH=」/home/***/blast/bin:$PATH」 此處若成功，則執行blastn -version會出現版本信息。

4 新建 在目錄/home/***/blast下新建一個文件夾，命名爲db 在/home/***下新建一個文件，命名爲.ncbirc 在文件中添加內容 [BLAST] BLASTDB=/home/***/blast/db

5 下載FASTA格式的數據庫 ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/以下載nr.gz

6 創建BLAST+可用的數據庫 打開終端（Terminal），切換到/home/***/blast/db目錄下，執行：

a. 進行核酸序列庫的構建

makeblastdb –in seq.fasta(核酸) -parse_seqids -dbtype nucl

b. 進行蛋白序列庫的構建

makeblastdb –in seq.fasta(蛋白) -parse_seqids -dbtype prot

7 使用程序

a. 進行核酸序列比對：

blastn -db nt -query target.fasta -out results.out

b.進行蛋白序列比對：

blastp -db nt -query target.fasta -out results.out