網頁版blast構建

　　以前作網站，要構建一個網頁版的blast，我是一臉懵逼，這東西咋作，我只會在NCBI上用啊，網上找的資料基本還都是如何使用blast我就更懵逼了，問了同窗，打開了思路，biopython上有相關函數可是好慢好卡，還容易崩，我又問問了，在本地下載個blast+再寫個函數，跑就完事了，最後分析下結果，反正能比對就ok了，按着這思路，就作了以下的工做。

　　1.下載blast+

　　　ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ 下載對應的版本並進行安裝

　　2.網頁部分的構建

　　　由於只須要blastn的功能，因此仿照blastn界面謝了一個界面

　　　2.1 涉及到參數及設計

　　　　序列輸入  =》 -query <file_in> 輸入你要查找的序列，將上傳的序列文件名放進去，最好是絕對路徑

　　　　查詢範圍  =》 -query_loc <n-x> 須要查找的位置（start-stop） ps:start/stop輸入是數字型

　　　　查詢類型  =》 -task <string> 選擇查詢的類型，blastn下有好幾種類型"blastn","blastn-short","megablast"各有有缺

　　　　保留閾值  =》 -evalue 保留匹配的閾值，本身設定，通常默認是10

　　　　匹配長度  =》 -word_size <integer,>=4> 設置最佳匹配長度

　　　　匹配得分  =》 -reward <int,>=0> 匹配上的得分

　　　　錯配罰分  =》 -penalty <int,>=0> 錯配的罰分

　　　　open gap  =》 -gapopen<int> open gap 分數

　　　　extend gap =》 -gapextend<int> extend gap分數

　　　　篩選    =》 -dust<str> "yes"or"no" 篩選低複雜區域

　　　　結果輸出  =》 -outfmt 輸出結果格式

　　　　　　　　　　　我用的是 -6 用"\t"格式分割  -7 用"\t"分割，包含註釋

　　　　　　　　　　　輸出還有一些列格式，沒怎麼用到，因此不贅述

　　　　-6 輸出通常是12列

　　　　Queryid（查詢id）　　Subject id（比對上的id） 　　identity（配對一致性%）　　alignment length(比對上的區域長度)　　mismatches(錯配數)

　　　　gap open　　q.start（匹配上的查詢序列起點）　　q.end（匹配上查詢序列終點）　　s.start(匹配上目標序列的起點)　　s.end(匹配上目標序列的終點)

　　　　e-value　　bitscore(比對上的的得分)

　　3.構建本身的庫

　　　載入本身的須要的fa數據做爲庫 blastn 只要nucl庫

　　　命令：makeblastdb.exe -in 基因組genomic.fna -parse_seqids -hash_index -dbtype nucl -out 自定義庫名

　　4.寫程序獲取上傳的信息

　　　我用的是python,切換到blast+所在文件夾/bin/下

　　　"""blastn -query %s  -db %s -out %s -task %s -evalue %d -word_size %d -reward %d -penalty %d -gapopen %d -gapextend %d -dust %s -outfmt 6 """%(inname,db,outname,task,evalue,word_size,reward,penalty,gapopen,gapextend,dust)

　　　　設置好語句，就能夠跑了

　　5.獲取到結果，將結果循環展現到結果界面上

 

　　大概的構建過程就是這樣，見仁見智。。記錄一下，沒白看。。。。