關於雙端測序

高通量測序的方式主要有：單端測序、paired-end/mate-paired(PE/MP)測序 。當要進行多 個樣品同時測序時能夠給不一樣的樣品添加不一樣接頭，混合後一塊兒測序。

       其中單端測序就是將 基因組隨機打斷後，對每一個片斷的進行測序。該方式建庫簡單，操做步驟少，經常使用於小基因 組、轉錄組、宏基因組測序。

        PE/MP 測序也叫雙向測序，是對一個長的序列測得其兩端的序 列。兩端的序列造成"一對"，中間的距離叫插入長度（insert length, ins_length）。paired-end 和 mate-paired 的區別在於建庫的方式不同。例如在 Solexa 中，基因片斷採用橋式擴增法，而未通過環化，獲得的測序結果叫 paired-end。而在 454 測序中，被測序的序列先被環化而後 打斷測序，獲得的結果叫 mate-paired 。無論採用哪一種方式，PE/MP 測序的結果除了序列本 身外還有中間的距離信息。距離信息能夠用來斷定組裝後成對 reads 間的序列是否準確，也可 用來幫助組裝。這種測序方式能夠用來解決基因組中的重複序列難題，被普遍採用。目前在 採用雙端測序法時，454 平臺建庫最長（最長能達到 20k），Illumina 建庫長度最短（小於 5k）。 因爲 Solid 和 Solexa 都是採用橋式擴增的方式，其自己自帶 paired-end 測序能力。而 454 和 Ion Torrent 要對打斷後的片斷進行環化、酶切，而後才能進行 mate-paired 測序。所以建庫的成本會比單端測序的高 。

Paired-end方法是指在構建待測DNA文庫時在兩端的接頭上都加上測序引物結合位點，在第一輪測序完成後，去除第一輪測序的模板鏈，用對讀測序模塊(Paired-End Module)引導互補鏈在原位置再生和擴增，以達到第二輪測序所用的模板量，進行第二輪互補鏈的合成測序

Mate-pair文庫製備旨在生成一些短的DNA片斷，這些片斷包含基因組中較大跨度(2-10 kb)片斷兩端的序列，更具體地說：首先將基因組DNA隨機打斷到特定大小（2-10 kb範圍可選）；而後經末端修復，生物素標記和環化等實驗步驟後，再把環化後的DNA分子打斷成400-600 bp的片斷並經過帶有鏈親和黴素的磁珠把那些帶有生物素標記的片斷捕獲。這些捕獲的片斷再經末端修飾和加上特定接頭後建成mate-pair文庫，而後上機測序。

本質上來講：

mate pair測序的DNA文庫是將很長的DNA進行環化，環化的接口處鏈接識別序列，而後打斷，富集含有識別序列的DNA，再進行雙向測序，那麼雙向測序的插入片斷長度就會很長。

而pair end是直接在DNA兩端假設接頭進行雙向測序，插入片斷長度較短

這樣的話，mate pair能夠測更長的片斷。