使用3D Slicer對圖像進行配準

在進行深度學習以前，咱們須要圖像進行一些預處理操做，其中配準是很重要的一環，如下將介紹使用軟件3D Slicer來進行圖像配準

3D Slicer是（1）一個軟件平臺，用以圖像分析（包括配準和實時編輯），圖像可視化以及圖像引導治療；（2）是一個免費、開源軟件，並適用於Linux、MacOSX和windows操做系統；（3）擁有強大的可擴展性，能夠經過模塊嵌入方式來增長新的功能和應用。3D slicer的主要特徵有：（1）適用於從頭到腳的各個組織器官；（2）兼容MRI、CT、US（超聲）、核醫學以及顯微鏡下的影像；（3）擁有雙向可交互性

準備

1. 3D Slicer下載
下載連接

安裝過程不予累述，注意若是有獨顯的話，打開該軟件的時候，右擊鼠標，選擇用圖形處理器運行，否則會使用CPU運行，會比較卡

安裝及加載文件教程

2. 獲取兩組dicom文件

3. 獲取module -- Elastix

點擊view，選擇Extension Manager。搜索Elastix，安裝SlicerElastix

配準

1. 將兩組須要配準的dicom文件拉入軟甲所在位置，根據提示框將兩組文件都進行加載

2. 點擊搜索框，選擇Elastix
   

3. 在Inputs框，依次選擇配準的文件，其中Fixed volume表示配準的基準，Moving volums表示待配準的文件
   

4. 選擇配准以後輸出的名字
   

5. 點擊Apply等待便可

結果

1. 點擊data，可看見左側中間部分顯示原文件和配準結果文件，點擊便可查看
   

2. 保存文件，點擊save便可保存，同時能夠保存多種格式