Linux記錄-安裝LAMP和R環境

2.2 Apache httpd
2.2.1 執行命令進行安裝：yum install -y httpd
2.2.2 開啓服務：service httpd start
2.2.3 設置開機自啓動：
chkconfig | grep httpd --查看 httpd 啓動狀態
chkconfig httpd on --設置 httpd 開機自啓動
netstat -lntp | grep httpd --查看 httpd 端口信息
ps -aux | grep httpd --查看 httpd 進程信息
2.2.4 修改配置文件 hosts 和 httpd.cnf
vi /etc/hosts：添加主機地址映射 10.2.1.169 Linux-1
vi /etc/httpd/conf/httpd.conf 修改如下信息：
Listen 10.2.1.169:80 註釋原來的 Listen
ServerName Linux-1
關閉防火牆：service iptables stop
關閉 SELINUX 控制：vi /etc/selinux/config
#SELINUX=enforcing #註釋掉
#SELINUXTYPE=targeted #註釋掉
SELINUX=disabled #增長
:wq! #保存退出
#setenforce 0 #使配置當即生效
2.2.5 修改默認目錄：vi /etc/httpd/conf/httpd.conf，找到 Directory
「/var/www/html」改爲」/opt/serve/app」。
2.2.6 重啓 httpd 服務，客戶機瀏覽器輸入： http://10.2.1.169/進行
測試
2.3 MySQL
2.3.1 執行命令進安裝：yum install -y mysql mysql-server
2.3.2 開啓服務：service mysqld start
2.3.3 設置開機自啓動：
netstat -lntp | grep mysqld --查看 mysqld 端口信息
chkconfig | grep mysqld --查看 mysqld 啓動狀態
chkconfig mysqld on --設置 mysqld 開機自啓動
2.3.4 複製配置文件
cp /usr/share/mysql/my-medium.cnf /ect/my.cnf
2.3.5 登陸測試：mysql -u root -p 輸入 root 的密碼便可。
2.3.6 新建普通用戶
root 權限新建用戶：insert into mysql.user(Host,User,Password)
values("localhost","mysql",password("1"))；
root 用戶授予某一個數據庫的全部權限給用戶：grant all privileges
on test.* to mysql@localhost identified by '1';
刷新系統權限表 flush privileges
授予用戶在數據庫的某些權限：grant select,delete,update,create,drop
on test to mysql@localhost identified by "1";
2.4 php
2.4.1 執行命令進行安裝：yum install -y php*
2.4.2 修改 Apache-httpd 配置文件
在/etc/httpd/conf/httpd.conf 中，
找到：AddType application/x-gzip .gz .tgz
在後面添加：
AddType application/x-httpd-php .php（使 Apcche 支持 PHP）
AddType application/x-httpd-php-source .php5
找到 DirectoryIndex index.html index.html.var 添加 index.php
2.4.3 修改 php 配置文件
在/etc/php.ini 加入
;extension=/usr/lib64/php/modules/pdo_mysql.so #pdo 配置連
接 mysql
2.4.4 重啓 httpd 和 mysqld 服務：
service httpd restart service mysqld restart
2.4.5 測試：
在/opt/serve/app/目錄下以 root 權限新建一個.php 文件，加入
如下代碼： <?php $conn=mysql_connect('localhost','root','1');
if ($conn) echo "OK...";
else echo "NO..."; ?> ，而後瀏覽器測試，顯示 OK 即成功鏈接
Mysql。

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2.5 R
2.5.1 安裝 R 語言依賴項
yum install gcc-gfortran
yum install gcc gcc-c++
yum install readline-devel
yum install libXt-devel
yum -y install java-1.7.0-openjdk*
yum -y install xz-devel.x86_64
yum -y install epel-release
yum install openssl
yum -y install bzip2-devel
2.5.2 安裝 R 語言環境：yum install -y R
2.6 Rserve
2.6.1.終端進入 R，安裝 Rserve
> install.packages('Rserve') --安裝，選擇地區 CRAN
2.6.2 啓動 Rserve
在 R 中啓動：> library(Rserve) --加載 Rserve >Rserve() --啓動
在終端命令啓動：R CMD Rserve
查看進程 ~ ps -aux|grep Rserve
查看端口 ~ netstat -nltp|grep Rserve
遠程鏈接啓動：R CMD Rserve --RS-enable-remote
2.6.3 查看配置信息~R CMD Rserve --RS-settings
config file: /etc/Rserv.conf
working root: /tmp/Rserv
port: 6311
local socket: [none, TCP/IP used]
authorization required: yes
plain text password: allowed
passwords file: [none]
allow I/O: yes
allow remote access: yes
control commands: yes
interactive: yes
max.input buffer size: 262144 kB
2.7 RMySQL
2.7.1 安裝依賴項
yum install -y libdbd-mysql mysql-devel
2.7.2 安裝 RMySQL
終端進入 R，安裝 RMySQL >install.packages(「RMySQL」)
2.7.3 啓動 MySQL
進入 RMysql >library(RMySQL)
查看 RMySQL 的說明文檔 >help(package=」RMySQL」)
2.7.4 創建 Mysql 鏈接
conn<-dbConnect(MySQL(),dbname="test",username="root",password=
"1" ,host=」127.0.0.1」,port=」3306」)
2.7.5 經常使用函數介紹
dbGetQuery --傳送查詢語句，把結果以數據框形式返回。
dbSendQuery --傳送查詢，返回的結果是繼承"DBIResult"子類的對象。
dbDisconnect --關閉鏈接
dbWriteTable --寫數據庫表
dbReadTable --讀數據庫表
2.8 Rserve-php 客戶端
開源網站 GitHub 下載程序包，只需引用 config.php 與 Connection.php
文件便可。主要用來 PHP 與 R 之間的通訊，加載 R 腳本。
require_once __DIR__ . '/inc/config.php';
require __DIR__ . '/inc/Connection.php';
$r = new Rserve_Connection(RSERVE_HOST);
$cmd ="source(\"/var/www/html/webadmin/t.R\")"; --R 文件路徑
$run=$r->evalString($cmd,Rserve_Connection::PARSER_NATIVE);
$cm ="task('$ccount','$u')"; --傳參
$run = $r->evalString($cm,Rserve_Connection::PARSER_NATIVE);
2.9 shell （加載 R 腳本）
PHP 端：php 調用 shell:shell_exec("./lgm.sh {$ccount} {$u}");
shell 端：shell 獲取 php 參數，加載 R 腳本:
#!/bin/sh Rscript lgmtrend.R $1 $2;
R 端：R 獲取參數調用 task 方法:
Args <- commandArgs()
cat("Args[1]=",Args[1],"\n")
cat("Args[2]=",Args[1],"\n")
cat("Args[3]=",Args[3],"\n")
cat("Args[4]=",Args[4],"\n")
cat("Args[5]=",Args[5],"\n")
cat("Args[6]=",Args[6],"\n")
cat("Args[7]=",Args[7],"\n")
task(Args[6],Args[7])
2.10 安裝其餘 R 包 包
library(forecast); library(lubridate);
1.直接在 R 下安裝，install.packages(「forecast」),最新的 R 版本搜不到；
2.開源網站下載相關安裝包 源碼編譯./configure make make install 或
終端輸入 R CMD INSTALL 包名.tar.gz
2.11 mysql 備份方式
1.mysqldump:
導入：先建數據庫，mysql -u root -p db_lxb<db_lxb.sql
use db_lxb source db_lxb.sql
導出：mysqldump -u root -p db_lxb>db_lxb.sql
2.Load:
導入： ：load data local infile 'E:\\Data\\weather.csv'into table test.weather
character set utf8 fields terminated by ',' optionally enclosed by '"'
escaped by '"' lines terminated by '\r\n';
導出：select 語句 into outfile '/opt/serve/app/weather_new.csv'
fields terminated by ',' optionally enclosed by '"' escaped by '"'
lines terminated by '\r\n';

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1.統計每一天的全部醫院門診總量，按大小排序
SELECT a.vdate,max(a.snum) AS maxnum FROM (
SELECT t.reg_date AS vdate,count(*) AS snum
FROM ccdm_cdc.tm_outclinical t
WHERE t.diag_name_inhos LIKE '%上呼吸道感染%'
GROUP BY vdate ORDER BY snum DESC) a
GROUP BY a.vdate ORDER BY maxnum DESC

2.統計醫院每一天的門診總量最大值

SELECT * FROM (
SELECT t.reg_date AS vdate,t.org_code AS org,count(*) AS snum,
rank() over (partition by t.org_code ORDER BY count(*) desc) AS rank
FROM ccdm_cdc.tm_outclinical t
WHERE t.diag_name_inhos LIKE '%上呼吸道感染%'
group by t.reg_date,t.org_code
) a
WHERE rank<=1 order by snum desc