1 miRNA切割以後mRNA在第十或第十一個鹼基產生兩個片斷,第一個片斷是5'帽子結構和3'羧基。3'剪切片斷包含自由的5'單磷酸和3'poly(A)尾巴。
2 利用5'adaptor能夠與5'單磷酸基團的RNA鏈接,而缺少5'單磷酸的基團沒法鏈接捕獲miRNA的切割產物,隨後使用oligo(dt)3'-adapter將連有5'-adaptor的3'切割產物反轉錄成cDNA,擴增cDNA後,使用限制性內切酶Mme I對PCR產物進行酶切,酶切長度在20-21bp。將酶切後的3'雙鏈DNA adaptor鏈接並進行PCR擴增,產物凝膠純化以後,創建一個包含經miRNA切割的3'端剪切片斷文庫,用於測序。