可視化工具之 IGV 使用方法

整合基因組瀏覽器(IGV)是一種高性能的可視化工具，用來交互式地探索大型綜合基因組數據。它支持各類數據類型，包括array-based的和下一代測序的數據和基因註釋。IGV這個工具很牛，發了NB：

James T. Robinson, Helga Thorvaldsdóttir, Wendy Winckler, Mitchell Guttman, Eric S. Lander, Gad Getz, Jill P. Mesirov. Integrative Genomics Viewer. Nature Biotechnology 29, 24–26 (2011)

使用IGV的基本思路

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安裝和配置

要用linux上的IGV（首先須要去官網下載一個Linux下的IGV），而後須要一個遠程控制工具：

這裏使用 VNC，網上下載破解版，安裝（輸入註冊碼便可破解，文章底部有註冊碼）。

運行IGV

開啓 linux 的 VNCserver，開啓了以後，linux上會顯示節點和端口，用於Windows端的鏈接。

vncserver -geometry 1366x768  #調節分辨率

開啓服務後，Linux會提示能夠登陸的節點，登陸VNC須要你的ip、端口及VNC密碼。

運行 VNC 客戶端（VNC viewer）裏的 IGV.sh 開啓可視化程序（打開Windows的VNC會自動跳轉到Linux下的IGV安裝目錄，雙擊IGV.sh便可打開）。

1.載入參考基因組數據

能夠點擊選擇一個，也能夠經過菜單欄Genomes載入文件。

2.載入排序後的bam文件

經過菜單欄的File，load from file。。。

IGV可視化數據準備

不是什麼數據均可以拿IGV看的，參考基因組必須爲FASTA格式；

IGV只是負責將比對結果可視化，並無比對過程，因此不能直接載入reads；

須要將待比對的reads與前面指定的參考基因組用bwa進行比對；

比對後的sam文件也不能直接載入（麻煩），要轉bam；bam排序；bam建索引（能夠一步完成）；

命令流程以下：

BWA出來的sam文件沒法直接被 IGV 利用的，必須通過 samtools 處理後才能被 IGV 顯示出來。

samtools view -@ 10 -bS -F 4 ./contigs_sequence_align_to_public_genome.sam > ./contigs_sequence_align_to_public_genome.bam

samtools sort -@ 10 ./contigs_sequence_align_to_public_genome.bam contigs_sequence_align_to_public_genome.sorted

samtools index contigs_sequence_align_to_public_genome.sorted.bam contigs_sequence_align_to_public_genome.sorted.bai

samtools depth contigs_sequence_align_to_public_genome.sorted.bam >depth_reads.txt

wc -l depth_reads.txt > Coverage-aln_reads.txt

更多的使用細節參照 samtools 使用方法。

IGV 須要設置內存,在看大型基因組時很吃內存.

示例：

下面顯示的是組裝異常區，這是手動鏈接的地方，Pacbio所有不能順利跨過去，說明組裝有問題。

 如下是單細胞轉錄組比對可視化：

IGV基本操做

如何去掉右邊自動彈出的框框？

藍色框起來的reads是啥？

…

 

IGV用戶指南

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目錄：

1. 用戶界面
2. 開始使用IGV
3. 導航
4. 加載一個基因組
5. 外部控制IGV
6. 查看參考基因組
7. 加載數據和屬性
8. 查看數據
9. 查看比對（核心）
10. 查看Variants
11. 基因列表視圖
12. 感興趣的區域
13. 樣本的屬性
14. 排序、分組和過濾
15. 保存和恢復會話
16. 服務器配置
17. Motif查找器
18. igvtools
19. BLAT 搜索

 

1.用戶界面

1.1 Main Window（主窗口）

1.tool bar（工具欄），menu bar（菜單欄），pop-up menus（彈出式菜單）。

2.染色體上的紅色盒子表示顯示這部分染色體，顯示完整染色體是紅框會消失。

3.尺度顯示了染色體的可見部分，刻度線顯示了染色體的位置，跨度列表顯示了當前顯示的鹼基的數量。

4.IGV在水平行顯示的數據稱爲tracks。一般,每一個tracks表明一個樣本或實驗。這個例子展現了甲基化、基因表達、拷貝數，LOH和突變數據。

5.IGV也顯示某些特性,好比在tracks中的基因。默認狀況下,IGV在一個面板顯示數據，在另外一個面板顯示數據特性。拖放一個track名稱，將一個track從一個面板移動到另外一個地方。

6.Track名稱列在最左邊面板。名字的易讀性取決於 tracks的高度，例如，track越小，它的名字的可讀性越小。

7.屬性名稱被列在頂部的屬性面板。彩色塊表明屬性值,每一個獨特的值被都有一個獨特的顏色。鼠標放在一個顏色塊的附近來查看其屬性值。

 

 

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參考資料

IGV官網

IGV User Guide  和  HTML版本

Viewing Alignments（查看比對，核心文檔）

IGV軟件使用指南(博客)

修改VNC分辨率大小

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軟件安裝：

RealVNC是一款免費的遠程控制程序，它是VNC （Virtual Network Computing）衆多操做平臺版本中的一員，這裏小編提供的RealVNC適用於windows操做平臺，軟件採用2048 位 RSA 服務器驗證和 128 位 AES 會話加密術，安裝此軟件的電腦可在全球各地遠程操控本身的電腦，所操做平臺沒有任何限制。功能特點1.Windows 驗證 —— 容許訪問 VNC 服務器以便控制基於標準的 Windows 用戶證書， 不管其是本地的、NT 域或者基於 Active Directory。2.單一登陸 —— 容許在一個域內部訪問 VNC 服務器而不須要從新輸入用戶的名稱和口令。3.簡單但有效的部署 —— 用 VNC Tool，即 VNC Deployment Tool for Windows 安裝和 管理 VNC Enterprise Edition 服務器。4.桌面縮放 —— 經過精確的比例縮放，或動態縮放爲任何大小。5.Windows 防火牆集成 —— 使 VNC Server 能夠更直接的部署。6.文件傳輸 —— 與 Windows 剪貼板結合，容許經過 VNC 鏈接在服務器和查看器計算機之間 複製文件而不須要額外的配置。最好的就是，與 VNC Enterprise 系列的其餘產品同樣，VNC Enterprise Edition for Windows是由原始 VNC team 設計、開發和維護的。RealVNC註冊碼3YHED-MNEHC-RMJT5-4UAAK-6A5HAFBV9V-7Z3V9-MED3U-47SEU-85T3AHA7MG-J8R3J-R3528-HC6P5-HTQ6AB7SLM-7MAX5-B4M74-UTDBE-K5WFA7736G-H4YBP-6ZCEU-AM3H4-QBTWANUQQ6-UP89V-9XGPU-GUYU9-U6VTA