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從GTF文件中提取TSS上下游1kb的區間,要多少行代碼?
時間 2020-12-29
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歡迎關注」生信修煉手冊」! 在ATAC_seq數據分析中,需要繪製reads在TSS位點附近的分佈圖, 如下所示 左側爲NFR reads在TSS位點兩側的分佈圖,右側爲單個核小體邊界reads在TSS位點兩側的分佈圖,可以看到,NFR reads在TSS位點兩側有明顯的富集趨勢。 在上述熱圖中,每一行代表一個轉錄本/基因,對於TSS附近區域,換個爲等長的bin,比如上圖中選取了TSS上下游1kb
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