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TFTG:human轉錄因子靶基因數據庫
時間 2021-01-18
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歡迎關注」生信修煉手冊」! 研究轉錄因子調控的靶基因有兩種常用的手段,第一種就是利用chip-seq等方式,研究特定轉錄因子在基因組的結合位置,從而判斷其調控的基因,因爲有實驗證據的支持,所以這種方式得到的調控基因會更加可信,存在的問題就是peak calling時的假陽性率問題。 另外一種方式是建立在轉錄因子的motif已知的情況下,可以採用FIMO等軟件在基因的啓動子序列上進行查找,如果能夠匹
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