TarBase:有實驗數據支持的miRNA靶基因數據庫

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TarBase是一個有實驗證據支持的miRNA靶基因數據庫，目前最新版本爲v8, 經歷了長達10年左右的收集與整理，網址如下

http://carolina.imis.athena-innovation.gr/diana_tools/web/index.php?r=tarbasev8%2Findex

該數據庫中包含了多個物種的miRNA靶基因信息，各個物種相關信息彙總如下

可以看到，主要還是人和小鼠的靶基因信息，佔據了90%以上。

對於每個靶基因，都會給出相關的文獻，組織類型，檢驗的方法等數據，數據庫中各項信息的數據量彙總如下

通過如下所示的搜索框，可以檢索該數據庫

可以同時輸出miRNA和gene, 也可以只輸入其中一種進行檢索。輸入的miRNA名稱需要符合mirBase數據庫中的miRNA名字的格式，對於gene, 支持gene symbol和ensembl gene ID兩種格式。

檢索結果可以分成以下三級

1. target info

第一級就是miRNA靶基因信息，每一行代表一個miRNA和靶基因的相互作用，示意如下

對於每個靶基因，會給出對應的支持該證據的方法，low代表的是一些傳統的實驗手段，通量低，high代表高通量測序的分析結果。

2. methods

每行的末尾有一個下拉的箭頭，點開之後就是第二級的結果，示意如下

3. binding sites

第二級的下拉列表展開之後，可以看到具體的結合區域信息，示意如下

在頁面左側的也提供了篩選功能，示意如下

該數據庫目前只提供了檢索功能，如果要下載對應的內容，需要向開發團隊進行申請。

TarBase中將實驗證據分成了low和high兩類，low代表的是傳統的實驗手段，相對高通量測序的分析結果，該結果的可靠性更高一點，我們可以通過篩選low方法支持的miRNA靶基因信息，從而得到一個高質量的miRNA靶基因數據集。

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