表觀 | Enhancer | ChIP-seq | 轉錄因子 | 數據庫專題

須要長期更新！

參考：生信修煉手冊

 

enhancer的基本概念：

長度幾十到幾千bp，做用是提升靶基因活性，屬於順式做用原件，DNA做用到DNA，轉錄因子就是反式，是結合到DNA的蛋白。

1981年，Benerji發現SV40中某個140bp的序列能夠顯著提升血紅蛋白融合基因的表達水平。

特性：遠距離效應，無方向性。

如何鑑定enhancer區域：

1. 對多個轉錄因子的peak區域進行聚類，識別加強子區域

2. 將H3K4me1和K3K27ac這兩種組蛋白修飾做爲加強子區的mark

3. 使用II型RNA聚合酶的最大亞基POLR2A做爲抗體進行chip_seq，識別加強子

4. 使用組蛋白乙酰化轉移酶P300做爲抗體進行chip_seq,識別加強子

如今又有了超級加強子的概念，super enhancer，就是enhancer顯著富集的區域。

 

Enhancer數據庫

FANTOM5 - human and mouse enhancer - Nature

HACER - human enhancer - NAR - only hg19

HEDD - human enhancer and disease - NAR - only hg19

TiED - human enhancer and tissue - no paper - only hg19 GENCODE.v19

EnhancerAtlas - human and mouse enhancer - only hg19

VISTA - human and mouse enhancer - can't download

DENdb - human enhancer - only hg19

SEdb - 超級加強子

dbSUPER - human  and mouse super enhancer

ROSE - richard A. Young, super enhancer，核心發現直接發Cell

 

Chip-seq數據庫

ENCODE project - 綜合性數據庫，DNA、RNA、蛋白質、表觀修飾

Cistrome DB - human and mouse Chip-seq

ReMap - human chipseq

IHEC - 國際人類表觀基因組聯盟

ChIP-Atlas 

GTRD 

FactorBook

 

3D genome

HiCUP

Juicer

Juicebox

HiC-Pro

 

轉錄因子數據庫

unibind - human轉錄因子結合位點

ChipBase - 轉錄因子調控網絡

dbCoRC - 核心轉錄因子數據庫 

 

 

 

Epifactors - 表觀因子數據庫

工具篇：

motif基本概念

peak calling

peak annotation

 

MEME-ChIP - 挖掘denovo motif

DREME

MEME - motif分析綜合工具

ggseqlogo - motif可視化 增強版

seqLogo - motif可視化

WebLogo - motif可視化

HOMER - peak註釋

PeakAnalyzer - peak註釋

ChIPseeker - peak註釋

ChIPpeakAnno- peak註釋

annoPeakR - peak註釋

GREAT -  peak註釋

UPORA -  peak註釋

PAVIS -  peak註釋