推薦一個實用的轉錄調控數據庫，幫你找轉錄因子結合位點、預測靶基因、找ChIP-seq數據...

來自俄羅斯研究人員開發了基因轉錄調控數據庫：GTRD（Gene Transcription Regulation Database），爲轉錄調控研究提供最全面的ChIP-seq實驗數據資源，並提供實用的轉錄因子與靶基因查詢功能。其相關研究成果已發表在《Nucleic acids research》。

GTRD數據庫內容及其衍生的信息資源

GTRD：基因轉錄調節數據庫

ChIP-seq是一種普遍用於識別給定轉錄因子結合區域的技術。基於全球大量的ChIP-seq數據集積累，已創建了一些專有數據庫。可是這些數據庫沒有集成來自不一樣ChIP-seq實驗數據提供非冗餘的轉錄因子結合位點（TFBSs）集。

爲了彌補這個不足，研究人員開發了基因轉錄調控數據庫：GTRD。GTRD從SRA、GEO、ENCODE等公共數據庫中收集轉錄因子相關的ChIP-seq數據，採用標準流程進行peak calling分析，並基於已有的轉錄因子motif數據，預測了轉錄因子結合位點。該數據庫自發布以來，一直在保持更新。

GTRD和其餘基於ChIP-seq數據的數據庫比較

GTRD能作什麼？

根據轉錄因子搜索

ChIP-seq實驗數據

用戶可根據轉錄因子查詢相關ChIP-seq實驗數據，首頁點擊「Start」，搜索框輸入轉錄因子名稱，便可在下面窗口展現查詢結果。

根據轉錄因子搜索ChIP-seq實驗數據

查詢基因上的轉錄因子結合位點

在高級搜索功能中，用戶可根據基因和轉錄因子的信息，搜索轉錄因子結合位點狀況。

查詢基因上的轉錄因子結合位點

預測轉錄因子的靶基因

在高級搜索功能中，用戶還可根據轉錄因子的信息預測其靶基因，查詢結果以基因列表的形式反饋。

預測轉錄因子的靶基因

用戶能夠根據9種物種信息+樣本類型/轉錄因子信息瀏覽GTRD中的數據。

GTRD首頁展現了最新的數據統計信息。

點擊首頁「download」按鈕可下載GTRD中的數據。

GTRD訪問地址（👉 可點擊閱讀原文訪問）：http://gtrd.biouml.org.

參考文獻

[1] Yevshin I, Sharipov R, Kolmykov S, Kondrakhin Y, Kolpakov F.GTRD: a database on gene transcription regulation-2019 update.Nucleic Acids Res. 2019 Jan 8;47(D1):D100-D105.

[2] Yevshin I, Sharipov R, Valeev T, Kel A, Kolpakov F.

GTRD: a database of transcription factor binding sites identified by ChIP-seq experiments. Nucleic Acids Res. 2017 Jan 4;45(D1):D61-D67. 

圖片來源：GTRD官網、參考文獻，若有侵權請聯繫刪除。

本文分享自微信公衆號 - 國家基因庫大數據平臺（close_3080908629）。
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