可視化工具gephi源碼探祕(二)

　　在上篇《 可視化工具gephi源碼探祕(一)》中主要介紹瞭如何將gephi的源碼導入myeclipse中遇到的一些問題，此篇接着上篇而來，主要講解當下經過myeclipse導入gephi源碼的可行性不高以及熟悉netbeans，並把本來基於netbeans平臺開發的gephi源碼導入進netbeans後啓動正常運行的過程，其中有遇到的很多問題和相應的解決方法。

前日工做梗概（仍是沿着想把源碼導入myeclipse的思路）：

　　通過從各大子模塊的pom.xml中篩選出符合條件的jar包寫入項目下的pom.xml文件後，maven dependency中雖然多了幾十個jar包，表示確實已經下載下來了。可是項目仍是大片的紅色警告，主要緣由仍是沒有正確導包。

 

　　經過觀察發現報警較多的是因爲org.openide所在的包沒有引入，網上一通找後，在一個專門找jar包的網站上搜索了三個openide的版本jar包，但都遇到部分類不能中的方法仍是報錯，估計是由於導入的版本不對，可是網上確實找不到相應的jar了，因此這時想起以前經過maven在遠程倉庫上好像還下載了很多jar，去搜索了下還真有與openide相關的，導入到項目中還真是解決了導包報錯的問題，因而針對項目中缺什麼就去找什麼，最終解決了全部報警的問題，這個問題是解決了，但是還有兩大問題一直困擾着我：

　　一是根據各路消息得知gephi是在netbeans平臺上開發的，並且在導包的過程當中也注意到許多jar都烙上了netbeans的痕跡，擔心這樣硬性移植到Myeclipse上會出現水土不服，固然表面上看沒有報錯；

　　二是經過在項目中搜索發現，項目中沒有main函數，針對這一現象特意在網上搜索是否還有其餘的入口標記，都是搜索未果。

 

　　下午的時候老大嘗試直接把安裝文件拷貝到項目中，把安裝文件的gephi目錄下的jar都換成源碼中的各模塊的源碼，而後再編譯，確實能編譯過去，而且將部署的目錄在.classpath中由bin改成了gephi/modules/目錄下了，並將gephi.exe標記拷貝到bin目錄下，這樣是可以啓動程序的，可是是不通過Myeclipse的，仍是不能解決當前燃眉之急。

 

 

今日梗概：

　　今天一天都在困惑如何讓源代碼跑起來以及到底是選擇在myeclipse中跑仍是在netbeans中跑。

 

　　工具版本簡介：netbeans：6.9.1(起初下載的是netbeans8，可是須要jdk1.7，個人jdk版本是1.6因此選擇netbeans6.9.1)、gephi：0.8.二、maven：2.0.6

　　個人足跡大體是這樣的：

　　1.昨天晚上的時候發現仍是應該嘗試下netbeans的開發平臺，各類權威官方網站只要說起gephi源碼導入以及二次開始無一不提到netbeans，因此在選擇平臺的岔路口，我想都走着看看，不能一條道走到黑卻發現前面是死衚衕。

　　安裝完netbeans後，開始捯飭着新建個maven項目，由於gephi源碼中是有pom.xml文件的，選擇的是maven netbeans模塊套件選項：

　　可是提示個人maven版本太老（個人是2.0.6）確實是　　有點舊了，後來就挪了一步，換成了項目須要的最低門檻2.0.7，點擊下一步，開始配置一些參數信息：

　　點擊完成後會先從maven的遠程庫中下載一些必要的jar包，由於此前是netbeans小白，因此新建項目後不知道如何拷貝gephi源碼，只是講pom.xml中的內容換成了gephi源碼中自帶的pom.xml，netbeans中的maven機制好像好myeclipse不太同樣，在myeclipse中按下ctrl+s便可保存pom.xml同時也會下載jar包，netbeans就不會，因此我直接點擊運行，這下好了，控制檯打印出大量信息，都是寫下載jar包的，具體信息就不貼了（插一句，怎麼感受怎麼以爲netbeans的maven下載jar機制很好很強大，哪像myeclipse非你鬧彆扭一會中斷一會報錯），固然中途也報錯了，說是對maven版本又有要求，須要3.0.3,。啥也別說了直接下個3.0.4吧，此後在運行估摸着jar包也下載的差很少了。

 

　　2.這些都不重要，重要的是gephi的源碼尚未導入呢，眼前對他也是沒轍，網上關於導入gephi源碼到netbeans中的文章也是少之又少，後來時間不早，就回去嚼了嚼霍達的《穆斯林的葬禮》，還算有嚼頭。今天一來就上谷歌上找了一通，看了半天也沒什麼進展，卻是更加確信在myeclipse下導入gephi源碼彷佛仍是有點不合時宜，由於各路大神並無直接否認說eclipse和myeclipse與導入gephi源碼無緣，可是都很巧妙的說到，gephi是基於netbeans開發的，有不少組件一來與netbeans平臺也很好用，因此推薦netbeans或者說明本身是用netbeans開發的（事實上，一天下來，真沒發現哪一個說用eclipse或是myeclipse導入源碼成功並可以運行的）。搜索途中，發現有個gephi toolkit，看着拿捏不是很準的英文介紹應該是說是gephi的一個jar能夠運行在任何java平臺包括myeclipse中，因而下載了一個gephi-toolkit-0.8.7-all的jar，把裏面的gephi-toolkit.jar放到在myeclipse中新建項目中，按照wikipedia上的介紹把一些例子挪到了項目中進行測試，其中一個用於生成隨機圖形的例子的代碼以下：

 1 package org.gephi;
 2 
 3 import org.gephi.io.generator.plugin.DynamicGraph;
 4 import org.gephi.io.generator.plugin.RandomGraph;
 5 import org.gephi.io.importer.api.Container;
 6 import org.gephi.io.importer.api.ContainerFactory;
 7 import org.gephi.io.importer.api.ImportController;
 8 import org.gephi.io.processor.plugin.AppendProcessor;
 9 import org.gephi.io.processor.plugin.DefaultProcessor;
10 import org.gephi.project.api.ProjectController;
11 import org.gephi.project.api.Workspace;
12 import org.openide.util.Lookup;
13 
14 public class GenerateGraph {
15 
16 /**
17 * @param args
18 */
19 public static void main(String[] args) {
20      
21   //Init a project - and therefore a workspace
22 ProjectController pc = Lookup.getDefault().lookup(ProjectController.class);
23 pc.newProject();
24 Workspace workspace = pc.getCurrentWorkspace();
25 
26 //Generate a new random graph into a container
27 Container container = Lookup.getDefault().lookup(ContainerFactory.class).newContainer();
28 RandomGraph randomGraph = new RandomGraph();
29 randomGraph.setNumberOfNodes(500);
30 randomGraph.setWiringProbability(0.005);
31 randomGraph.generate(container.getLoader());
32 
33 //Append container to graph structure
34 ImportController importController = Lookup.getDefault().lookup(ImportController.class);
35 importController.process(container, new DefaultProcessor(), workspace);
36 
37 //Generate another graph and append it to the current workspace
38 Container container2 = Lookup.getDefault().lookup(ContainerFactory.class).newContainer();
39 RandomGraph randomGraph2 = new RandomGraph();
40 randomGraph2.setNumberOfNodes(100);
41 randomGraph2.setWiringProbability(0.01);
42 randomGraph2.generate(container.getLoader());
43 importController.process(container2, new AppendProcessor(), workspace); //Use AppendProcessor to append to current workspace
44 
45 //Create new workspace
46 Workspace workspace2 = pc.newWorkspace(pc.getCurrentProject());
47 pc.openWorkspace(workspace2); //Set as current workspace
48 
49 //Generate dynamic graph into workspace 2
50 Container container3 = Lookup.getDefault().lookup(ContainerFactory.class).newContainer();
51 
52 DynamicGraph dynamicGraph = new DynamicGraph();
53 dynamicGraph.generate(container3.getLoader());
54 importController.process(container3, new DefaultProcessor(),       workspace2);
55 
56 }
57 
58 
59 }

　　成功運行後結果以下：

# Nodes loaded: 500
# Edges loaded: 578
# New Nodes appended: 0
# New Edges appended: 0
# Nodes loaded: 50
# Edges loaded: 47

本來仍是幻想着可以出來一個和gephi那樣的界面，在這塊啃了會，以爲沒多大但願，而此時netbeans彷佛一直在呼喚我。

 

　　3.在網上找了找關於netbeans和maven項目的關係，說是netbeans具備自動識別java項目、maven項目的功能，因而乎，點擊文件->打開項目後，進入到我下載的源碼目錄下如圖所示，我指望的gephi-0.8.2-beta沒有獨特的標示，可是以前下載的gephi-plugins-bootcamp-master卻是被識別出來了

　　先將該項目導入到netbeans中，點擊運行，這時竟然彈出gephi啓動程序了，當時那種心情，在興奮和猶豫要不要興奮之間糾結，興奮的是起碼有一種途徑能夠經過程序跑出gephi，猶豫是由於這畢竟不是在myeclipse平臺上，不是我熟悉的味道啊，這一歷史性的突破可能就意味着下面我得好好喝netbeans處一段時間了。此外這也不是我要的經過源碼啓動程序，因此仍是在源碼上下功夫，搜索了下wikipedia上關於build gephi的介紹，看到了大致的導入的目錄結構，因而再次點擊打開項目，進入gephi-0.8.2-beta後豁然看見一個標記"ma"

　　但是後面老是顯示「maven項目格式不正確」，幾經百度、幾經谷歌終不能解，因而又是陷入一個低谷。

 

　　4.這時又想到gephi這個項目彷佛是沒有main函數的，也就是說沒有正常項目那樣的入口，因此於如何啓動從哪啓動的問題也是一個心結，一頓搜索後發現問題老是不少，解決的相對較少，我不是第一個有這樣疑惑的人，但也不是第一個知道這個問題答案的幸運兒，最終給個人感受仍是說netbeans能夠指定一個啓動入口或者說netbeans對於桌面應用程序具備特殊的處理使得不須要想通常程序同樣經過main函數的討論（固然，多是偷偷用的，被封裝起來而已）。以後來回往返於幾個權威性的網頁，看看你們的問題，結合自身的問題，靈機一動，咱換別的版本源碼來瞧瞧，因而乎一口氣下載了0.8.1-beta、0.8.0-alpha、0.8.0-beta、0.7.-alpha3和0.7-alpha4版本，逐一嘗試，最終仍是發現0.8.1是能夠爲我所用的，用過源碼啓動的階段性問題算是解決了，啓動的部分信息以下：

platform.download：
Using harness folder F:\Research\可視化\code\源碼\gephi-0.8.1-beta.sources/platform/harness
branding：
files-init：
release：
build：
org.gephi.desktop.mrufiles.api.taskdefs：
org.gephi.desktop.mrufiles.api.common-init：
org.gephi.desktop.mrufiles.api.projectized-common.basic-init：
org.gephi.desktop.mrufiles.api.basic-init：
org.gephi.desktop.mrufiles.api.files-init：
org.gephi.desktop.mrufiles.api.nbm-license-init：
org.gephi.desktop.mrufiles.api.build-init：
Scanning for modules in F:\Research\可視化\code\源碼\gephi-0.8.1-beta.sources\platform\platform
Scanning for modules in suite F:\Research\可視化\code\源碼\gephi-0.8.1-beta.sources
org.gephi.desktop.mrufiles.api.init：
org.gephi.desktop.mrufiles.api.up-to-date：
org.gephi.desktop.mrufiles.api.compile：
org.gephi.desktop.mrufiles.api.jar-prep：
org.gephi.desktop.mrufiles.api.jar：
org.gephi.desktop.mrufiles.api.netbeans-extra：
org.gephi.desktop.mrufiles.api.javahelp：
org.gephi.desktop.mrufiles.api.module-auto-deps：
org.gephi.desktop.mrufiles.api.release：
org.gephi.desktop.mrufiles.api.module-xml-regular：
org.gephi.desktop.mrufiles.api.module-xml-autoload：
org.gephi.desktop.mrufiles.api.module-xml-eager：
org.gephi.desktop.mrufiles.api.chmod-executables：
org.gephi.desktop.mrufiles.api.verify-class-linkage：
0 file(s) have been successfully validated.
org.gephi.desktop.mrufiles.api.netbeans：
Generating information for Auto Update...
org.gephi.io.database.drivers.taskdefs：
org.gephi.io.database.drivers.common-init：
org.gephi.io.database.drivers.projectized-common.basic-init：
org.gephi.io.database.drivers.basic-init：
org.gephi.io.database.drivers.files-init：
org.gephi.io.database.drivers.nbm-license-init：
org.gephi.io.database.drivers.build-init：
Scanning for modules in F:\Research\可視化\code\源碼\gephi-0.8.1-beta.sources\platform\platform
Scanning for modules in suite F:\Research\可視化\code\源碼\gephi-0.8.1-beta.sources
org.gephi.io.database.drivers.init：
org.gephi.io.database.drivers.up-to-date：
org.gephi.io.database.drivers.compile：
org.gephi.io.database.drivers.jar-prep：
org.gephi.io.database.drivers.jar：
org.gephi.io.database.drivers.netbeans-extra：
org.gephi.io.database.drivers.javahelp：
org.gephi.io.database.drivers.module-auto-deps：
org.gephi.io.database.drivers.release：
Copying 6 files to F:\Research\可視化\code\源碼\gephi-0.8.1-beta.sources\build\cluster
org.gephi.io.database.drivers.module-xml-regular：
……

Generating information for Auto Update...
org.gephi.desktop.timeline.taskdefs：
org.gephi.desktop.timeline.common-init：
org.gephi.desktop.timeline.projectized-common.basic-init：
org.gephi.desktop.timeline.basic-init：
org.gephi.desktop.timeline.files-init：
org.gephi.desktop.timeline.nbm-license-init：
org.gephi.desktop.timeline.build-init：
Scanning for modules in F:\Research\可視化\code\源碼\gephi-0.8.1-beta.sources\platform\platform
Scanning for modules in suite F:\Research\可視化\code\源碼\gephi-0.8.1-beta.sources
org.gephi.desktop.timeline.init：
org.gephi.desktop.timeline.up-to-date：
org.gephi.desktop.timeline.compile：
org.gephi.desktop.timeline.jar-prep：
org.gephi.desktop.timeline.jar：
org.gephi.desktop.timeline.netbeans-extra：
org.gephi.desktop.timeline.javahelp：
org.gephi.desktop.timeline.module-auto-deps：
org.gephi.desktop.timeline.release：
org.gephi.desktop.timeline.module-xml-regular：
org.gephi.desktop.timeline.module-xml-autoload：
org.gephi.desktop.timeline.module-xml-eager：
org.gephi.desktop.timeline.chmod-executables：
org.gephi.desktop.timeline.verify-class-linkage：
1 file(s) have been successfully validated.
org.gephi.desktop.timeline.netbeans：
Generating information for Auto Update...
org.netbeans.swing.dirchooser.taskdefs：
org.netbeans.swing.dirchooser.common-init：
org.netbeans.swing.dirchooser.projectized-common.basic-init：
org.netbeans.swing.dirchooser.basic-init：
org.netbeans.swing.dirchooser.files-init：
org.netbeans.swing.dirchooser.nbm-license-init：
org.netbeans.swing.dirchooser.build-init：
Scanning for modules in F:\Research\可視化\code\源碼\gephi-0.8.1-beta.sources\platform\platform
Scanning for modules in suite F:\Research\可視化\code\源碼\gephi-0.8.1-beta.sources
org.netbeans.swing.dirchooser.init：
org.netbeans.swing.dirchooser.up-to-date：
org.netbeans.swing.dirchooser.compile：
org.netbeans.swing.dirchooser.jar-prep：
org.netbeans.swing.dirchooser.jar：
org.netbeans.swing.dirchooser.netbeans-extra：
org.netbeans.swing.dirchooser.javahelp：
org.netbeans.swing.dirchooser.module-auto-deps：
org.netbeans.swing.dirchooser.release：
org.netbeans.swing.dirchooser.module-xml-regular：
org.netbeans.swing.dirchooser.module-xml-autoload：
org.netbeans.swing.dirchooser.module-xml-eager：
org.netbeans.swing.dirchooser.chmod-executables：
org.netbeans.swing.dirchooser.verify-class-linkage：
0 file(s) have been successfully validated.
org.netbeans.swing.dirchooser.netbeans：
Generating information for Auto Update...
run：
run.run：

　　至此，gephi的源碼導入工做已算結束，下一步就是了解netbeans以及gephi。對於gephi有研究的請在下方留言^_^

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