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分子動力學模擬-軌跡處理-求平均結構
時間 2021-07-12
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利用amber的cpptraj求動力學軌跡的平均結構(蛋白核酸複合物): 先導入軌跡 然後有下面三種疊合(align)方式 rms first mass @所有蛋白核酸複合物的骨架原子 rms first rms first mass @所有核酸骨架原子(沒有蛋白的骨架原子)圖中紅色複合物構象(對應方法1)最扁,深藍色的(方法2)次之,淺藍色(方法3)的是正常的,說明三種疊合方式裏面方法3最爲可信
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