bismark 識別甲基化位點

在bismark中，根據甲基化的C所處的上下文環境，分成以下3類； CpG CHG CHH p代表磷酸二酯鍵，CpG指的是甲基化的C的下游是1個G鹼基。H代表除了G鹼基之外的其他鹼基，即A, C, T中的任意一種，CHG代表甲基化的C下游的2個鹼基是H和G, CHH表示甲基化的C下游的兩個鹼基都是H。 bismark 比對完之後，會生成1個bam 文件。使用bismark_methylation_

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