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bismark 識別甲基化位點
時間 2021-01-19
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在bismark中,根據甲基化的C所處的上下文環境,分成以下3類; CpG CHG CHH p代表磷酸二酯鍵,CpG指的是甲基化的C的下游是1個G鹼基。H代表除了G鹼基之外的其他鹼基,即A, C, T中的任意一種,CHG代表甲基化的C下游的2個鹼基是H和G, CHH表示甲基化的C下游的兩個鹼基都是H。 bismark 比對完之後,會生成1個bam 文件。使用bismark_methylation_
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