NCBI下載sra數據（新）

  今天要上NCBI下載sra數據發現沒有下載的連接，網上查發現都是老的方法，NCBI頁面已經變動，因而看了NCBI的help，而且記錄下來新版的sra數據下載方法，要用NCBI的工具SRA Toolkit。另外諮詢師兄，總結獲得新的wget下載的方法。

方法1 NCBI告知的方法（中斷不能繼續下載）

• 下載SRA Tookit
  https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software；點擊software，選擇須要的sra toolkit版本進行下載
  

下載後直接解壓到某個指定位置

• 搜索SRA並獲取accesion list
  在NCBI sra頁面(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra)輸入登錄號( accession number )進行搜索；顯示搜索結果以下
  
  這裏顯示的是該project下的全部數據，點擊一個，進入sra數據界面
  
  這裏點擊1GB(數據大小)的連接，進入下載界面
  
  再點擊Accesion List 下載 Accesio List

• 使用SRA Tookit 的prefetch進行下載
  prefetch 放在sratoolkit文件夾下的bin

~/utilities/sratoolkit.2.8.2-1-centos_linux64/bin/prefetch --option-file SRR_Acc_List.txt

  sra數據會下載到家目錄下的ncbi/public/sra中，perfetch 默認aspera下載（若是存在於環境變量，不然使用https下載），也可設置aspera，Ex：prefetch -t ascp -a "/opt/aspera/bin/ascp|/opt/aspera/bin/asperaweb_id_dsa.openssh" --option-file file.txt; file.txt 格式爲每一行一個SRR#，能夠使用下載界面的RunInfo table下載的文件

更詳情的請查看prefetch 幫助：https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=toolkit_doc&f=prefetch

方法2使用wget 下載

如下是NCBI 存放SRR5483089的路徑
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR548/SRR5483090/
可見ftp構成：
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/+SRR+登錄號前三位數字（548）+/SRR+完整登錄號（5483089）
進入便可看到FTP文件,能夠直接下載或者經過複製連接用wget 下載
若是按SRP下載文件的話，構成是
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByStudy/sra/SRP/+SRP+SRP前三位數字 (105) +/SRP+SRP的完整登錄號(105315)