GEO/SRA數據庫

GEO數據庫

GEO數據庫隸屬於NCBI，是最大最全面的基因表達數據庫，主要是芯片和轉錄組測序數據。除儲存數據外，也提供一些數據挖掘工具，所以利用好這個數據庫，沒有實驗，沒有本身的數據也能發好文章！

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/

 

SRA文件的存放

從NCNI的這個站點（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/faspftp/）能夠看出，sra原始的reads數據是在sra/sra-instant/下的，該目錄下的analysis是分析結果文件

reads目錄下，又分爲ByExp，ByRun和ByStudy三個目錄，每一個目錄下都有sra子目錄，並且又分爲三個子目錄，因此從這裏找sra文件是很是繁瑣的。不如從GEO主頁上直接搜索編號。