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做爲人體最大和最複雜的生態羣落，腸道微生物羣及其代謝產物在調節生理穩態和疾病出現方面均起着重要做用，對人類健康相當重要。url
來自中山大學的研究人員開發了gutMEGA數據庫，旨在對已發表的人類腸道微生物宏基因組數據集進行整理，從而爲研究人員提供腸道微生物在不一樣條件下丰度變化的直觀數據。其相關研究成果已發表在《Briefings in Bioinformatics》。spa
研究團隊收集了182項研究，並對相關數據進行了進一步的處理。根據精心設計的再匹配過程，全部分類羣從新映射到徹底分類。共收集整理了776個條件下的6457個類羣，包括59132個不一樣分類水平（界、門、綱、目、科、屬、種）的定量事件。同時開發了一個用戶友好的交互式數據庫（gutMEGA）來管理和託管這些數據集。.net
爲何要構建gutMEGA？設計
缺少直觀地顯示微生物在不一樣條件下3d
動態變化的數據庫
隨着高通量技術的快速發展，各類人腸道宏基因組數據不斷積累。在不一樣的實驗條件下這些配置文件的量化能夠提供有用的洞察腸道微生物調節的生物過程。
目前儘管已經有各類數據庫存儲宏基因組數據並提供分析流程，甚至提供樣品的微生物組成和相應的元數據信息，但仍須要創建一個直觀地顯示微生物在不一樣條件下動態變化的數據庫。因爲腸道菌羣的變化在不一樣時空背景下對人體健康相當重要，所以，腸道菌羣的綜合資源能夠促進已發表的宏基因組數據集的重用，爲宏基因組相關研究提供極大的幫助。
爲了快速、直觀地獲取不斷增加的腸道微生物信息，研究團隊開發了gutMEGA數據庫。與現有的宏基因組相關數據庫不一樣，經過將實驗條件與微生物丰度變化相匹配，研究人員能夠得到他們感興趣的表型或微生物羣的景觀，或者經過gutMEGA將他們本身的結果與已發表的研究進行比較。
gutMEGA能作什麼？
gutMEGA提供快速搜索和高級搜索兩種方式對數據庫中的數據進行查詢。結果表默認以p值排序，用戶也能夠從新按taxon，condition或者log2ratio進行排序。同時，用戶能夠經過condition或者log2ratio對結果進行進一步篩選，或者直接輸入關鍵詞搜索表格。
Detail按鈕：能夠看到實驗相關信息（包括PMID，實驗地點，樣本類型，測序方法，測序平臺，參與人數，生物學重複數目等），同時還提供了原始數據。
在browse頁面，數據庫中的信息被分類爲
Taxonomy，Condition，Sample，用戶能夠瀏覽並選擇感興趣的內容查看結果。
在Download頁面展現了gutMEGA中可下載的數據信息列表。
實驗前/後均可以使用gutMEGA
輔助實驗設計和驗證明驗結果
已有研究代表腸道微生物菌羣和與結直腸癌相關。個人實驗目的是瞭解消化鏈球菌在結直腸癌患者和健康人中的差別。實驗前，我但願儘量瞭解大腸癌中消化鏈球菌的丰度變化，以保證明驗設計的準確性。我能夠已以結直腸癌（Colorectal cancer）和消化鏈球菌屬（Peptostreptococcus）爲關鍵詞進行搜索，結果在5個數據集中，顯示結直腸癌患者的消化鏈球菌明顯高於健康對照組，提示消化鏈球菌可能參與告終直腸癌的發生和發展。這個結果獲得了發表在Nature Microbiology上的Peptostreptococcus Anaerobius Promotes Colorectal Carcinogenesis and Modulates Tumour Immunity一文的驗證：發現厭氧消化鏈球菌在結直腸癌變中發揮做用，調節腫瘤免疫。
一樣的若是我經過實驗分析發現結直腸患者中消化鏈球菌丰度較高，而且想要驗證這一結果的可靠性，也可使用gutMEGA做爲驗證資源。所以，gutMEGA不只提供疾病相關微生物變化的全面信息，還可做爲研究人員探索和查詢的資源
gutMEGA訪問地址（👉 可點擊閱讀原文訪問）：http://gutmega.omicsbio.info.
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參考文獻
Zhang Q, Yu K, Li S, et al. gutMEGA: a database of the human gut MEtaGenome Atlas[J]. Briefings in Bioinformatics, 2020.
圖片來源：gutMEGA官網、參考文獻，若有侵權請聯繫刪除。
本文分享自微信公衆號 - 國家基因庫大數據平臺（close_3080908629）。
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