Gromacs基於OPLS-AA力場的聚合物建模及模擬

本文內容包括： OPLS-AA力場簡介/高分子模擬常用力場； 聚合物建模方法； Gromacs添加非標準殘基建模聚合物的方法； 聚合物PDB文件生成； 開始模擬。 第一步： 儘管Gromacs與Amber都包含適合蛋白質與核酸體系模擬的力場，但到目前爲止罕有專爲人工聚合物體系開發的力場。不同於蛋白質/覈算具有有限種類的殘基，聚合物原則上可以有無限種不同的單體，去爲每一種單體都設定優化參數是不可能的

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