Coding and Paper Letter(四十一)

資源整理。此次過久沒更新,最近比較忙。老規矩拆成兩篇。python

Coding:

1.比較獨立,部分聚集和系統發育知識的生態位模型。「Niche estimation above and below the species level. Trends in Ecology and Evolution」論文的附件。mysql

phyloENM TREEgit

2.用於生態預測的數據源。主要包括氣象數據、土地覆被數據和NDVI數據。github

EcoForecastDataSourcesweb

3.Colaboratory是一個旨在幫助傳播機器學習教育和研究的研究項目。 這是一個Jupyter筆記本環境,無需使用設置。redis

colabtools算法

4.Python庫gridtools.resampling,用於地理空間網格的Python工具。雖然存在許多可用於將地理空間圖像和網格上採樣到更高空間分辨率的Python函數,可是一般缺少執行網格單元聚合以將網格下采樣到更粗略空間分辨率的方法。大多數現有聚合方法假設源和其目標網格之間存在整數因子,所以不存在部分重疊的網格單元區域的貢獻。sql

gridtoolsmongodb

5.shinipsum的目標是爲最簡單的shiny應用程序原型提供隨機shiny元素。docker

shinipsum

6.調查R圖形性能。

plotting benchmark

7.基於Freelancer Start Bootstrap主題的Jekyll主題。

freelancer theme

8.基於Grayscale主題的Jekyll主題。

grayscale theme

9.PyTorch中的實例分段和對象檢測算法的快速模塊化參考實現。

maskrcnn benchmark

10.R語言包timethis,用於修改函數和表達式,以便在單個列表中返回結果和執行時間。

timethis

11.R語言包ptolemy,用於獲取高分辨率地理數據。

ptolemy

12.用於探索docker鏡像,圖層內容以及發現縮小Docker圖像大小的方法的工具。

dive

13.Civic數據分析教程。

civic data tutorials

14.一系列notebook,探索地球科學中的一些數字概念。

digidisc

15.nitro的conda-smithy存儲庫。

nitro feedstock

16.gdal的conda-smithy存儲庫。

gdal feedstock

17.geotiff的conda-smithy存儲庫。

geotiff feedstock

18.R語言包spacebucket,經過來自不一樣多邊形輸入的triangle的普通點。

spacebucket

19.R語言包scgraph,R中igraph的silicate常見形式。

scgraph

20.Lindsey Heagy的PhD學位論文。

phd thesis

21.thinkr的網頁。

thinkr open.github.io

22.Docsy是一個Hugo主題,用於技術文檔集,提供簡單的導航,站點結構等。

docsy

23.Gloo是一個集體通信庫。 它附帶了許多對機器學習應用程序有用的集合算法。

gloo

24.Python庫dask rasterio,使用Rasterio和Dask並行讀寫柵格。

dask rasterio

25.R語言包latexdiffr,它使用latexdiff命令建立兩個Rmarkdown,.Rnw或TeX文件的diff。

latexdiffr

26.用於將SVG路徑導出爲TikZ / PGF路徑的Inkscape擴展。

svg2tikz

27.WebDB在dat://網站上讀取和寫入記錄的數據庫。

webdb

28.在Chi Hack之夜的R學習小組,此存儲庫包含在R Learning Group中的Chi Hack Night期間編寫的全部腳本。

r learning group

29.任務視圖以策劃協助基於R的數據分析項目的工做流程的CRAN包。

ctv project workflows

30.大氣 - 海洋相互做用的非SOM分析。

non som

31.如何使用Python工具解決可視化問題,此存儲庫提供示例,演示和培訓材料,記錄如何使用與Web瀏覽器一塊兒使用的Python工具解決可視化問題,包括Bokeh,HoloViews,GeoViews,Matplotlib,Datashader和Param。

pyviz

32.咱們的地理空間數據試點的一些文件/說明。

geospatial pilot notes

33.使用xarray,rasterio,dask進行cloud-optimized-geotif基準測試。

cog benchmarking

34.Sniffing and parsing mysql,redis,http,mongodb etc protocol. 抓包截取項目中的數據庫請求並解析成相應的語句。

go sniffer

35.R語言包imbalance,提供了一套工具來處理不平衡的數據集:新的過採樣算法,實例過濾和合成實例的評估。

imbalance

36.R語言包smartdata,集成預處理算法的軟件包,用於過採樣,實例/特徵選擇,歸一化,離散化,空間轉換,異常值/缺失值/噪聲清除。

smartdata

37.mpg-envinfosys-teams-2018-envimaster_rs_18由GitHub課堂建立。

mpg envinfosys teams 2018 envimaster rs 18

38.feinstaub地圖,目標和想法:在地圖上顯示最近的傳感器數據;識別並添加外部來源的現有空氣質量數據;隨時隨地收集空氣質量數據,開發移動解決方案,測量軌道也能夠在地圖上顯示軌跡數據。移動傳感器:將GPS添加到現有傳感器設置,請參閱提交啓用將GPS數據推送到Django API(GPS測量的變化參見提交)和/或經過MQTT可視化。

feinstaub map

39.2018版Automating GIS-processes課程練習1。

Exercise 1

40.大名鼎鼎的開源GIS GDAL庫。

gdal

41.託管您本身的Maptime章節網站? Starter是一個簡單的Jekyll主題,旨在分叉和調整以知足您的需求。 Jekyll是一個適用於我的,項目或組織網站的博客感知靜態網站生成器 - 它是生成Maptime章節網站的軟件。

salzburg

42.用ggplot2+sf和ggmap建立地圖。

ggplot2 sf

43.高斯過程協方差函數的近似特徵分解。 該方法基於將協方差函數解釋爲僞微分算子的核並使用希爾伯特空間方法對其進行近似。 這致使協方差函數的降階近似(Solin和Särkkä,2018)。

basis functions approach to GP

44.具備AWS憑據的雲優化geotiff基準測試。

cog benchmarking local

45.全部算法的Python實現。

Python

46.R語言包gpflowr,gpflowr(jee-pee-flower)是一個簡單的R導入GPflow python包,用於使用Google的TensorFlow庫來擬合高斯過程模型。

gpflowr

47.R的靜態代碼分析。

lintr

48.一個jupyterlab容器的build-> test-> deploy containershare模板。

repo2docker jupyterlab

49.使用yaml文件將命令和bash片斷拼接在一塊兒,並使用一些樣式運行它們。

bashful

50.King's College London的博士學位論文。

PhD

51.順序參與,推斷,重複(SQAIR)的實現。

sqair

52.自我渲染Markdown + LaTeX文檔。

texme

53.R語言包goatscape,提供工具來彙總輸入橫向多邊形中的各類數據集,並以整齊的友好格式提供它。 這是許多生態學研究的常見數據聚合步驟。

goatscape

54.R語言包gtable,爲ggplot2提供動力的佈局包。

gtable

55.Mesa 3D圖形庫。

mesa

56.Python庫rasterio,用於讀取和寫入geospatial柵格數據。

rasterio

57.該軟件包提供源代碼專業版字體做爲LaTeX軟件包。 sourcecodepro.pdf中的完整文檔和修訂歷史記錄。

latex sourcecodepro

58.R語言包RPyGeo,從R內部創建ArcGIS地理處理工具的界面。

RPyGeo

59.「Improving Variational Inference with Inverse Autoregressive Flow」代碼。

iaf

60.class測試。

class scripts

61.有關建立R建模包的建議。

model implementation principles

62.Julia包以通用方式處理網格地球變量。

MeshArrays.jl

63.Notebook用於在JuliaCon 2018上介紹GCMFaces.jl。

JuliaCon2018Notebooks

64.「以文本爲中心的信息檢索中利用知識庫」教程的資源。

tutorial kb4ir

65.NVIDIA深度學習數據集合成器(NDDS)。

Dataset Synthesizer

66.可變寬度Bezier樣條的技術報告。

offsetbezier report

67.R語言包xts,可擴展的時間序列類,經過擴展zoo來提供對許多R時間序列類的統一處理。

xts

68.輸出rgb或十六進制彩色圖。

colormap

69.強大,優化和清晰的編程語言。

zig

70.EOSIO Kafka插件。

kafka plugin

71.用元啓發式深度學習。

automl

72.用於構建C ++庫和測試框架的測試庫。

gtest cmake

73.R語言包carbonate,R裏的carbon.js。

carbonate

74.各類與R,統計,語言學和教學相關的GIF和模因。

media

75.R包untidydata,爲不整齊的數據集,用於教授tidyverse。

untidydata

76.用於分配和分級notebook的系統。

nbgrader

77.Pythongpxpy,gpx-py是一個python GPX解析器。 GPX(GPS交換格式)是一種基於XML的GPS軌道文件格式。

gpxpy

78.stravalib項目旨在提供一個簡單的API,用於與Strava v3 Web服務交互,特別是圍繞豐富且易於使用的對象模型抽象v3 REST API,並提供對單位的日期/時間/時間屬性和數量的支持( 使用python單元庫)。

stravalib

79.用您的運動數據建立藝術可視化。

strava

80.能夠鏈接的docker鏡像。

Connect Docker

81.用於處理點雲數據的GDAL版本。

PDAL

82.R Spatial Workshop:芝加哥經濟適用房。

chicago housing

83.R語言包roxygen,在他們的定義旁邊的註釋中描述你的函數,roxygen2將處理你的源代碼和註釋,以在man /目錄中生成Rd文件。

roxygen

84.基於shiny的響應式Web框架。

yonder

85.一個徹底可定製的框架,用於構建富文本編輯器。

slate

86.R包xaringan的材料。

xaringan book

87.R語言包gremlin,用於混合效果模型REML結合廣義逆。

gremlin

88.MapReduce監控工具。

MR Monitoring Tools

89.可獲取的自動機器學習框架用於深度學習。

autokeras

90.PyTorch實現「經過參數共享進行高效神經架構搜索」。

ENAS pytorch

91.R語言包spatialwidget,轉換空間數據以在Htmlwidgets中使用。

spatialwidget

92.導航的小網絡地圖——這是一個在紐約市導航的小型網絡地圖,顯示少許標記和設備地理位置。

nyc

93.我從將項目移植到FreeBSD中學到了什麼。

what i learned from porting to freebsd

94.一個AI機器人,能夠在GitHub上的任何開源項目中進行協做。

puchrobot

95.R語言包upnews,顯示過期的github包的新聞。

upnews

96.Python庫lsru,與USGS和ESPA API的接口,用於Landsat表面反射率數據訂單。

lsru

97.R語言包SOmap,SOmap的目標是儘量輕鬆地在極地預測中圍繞南大洋地圖繪製出版物質量。

SOmap

98.Python庫modin,經過更改單行代碼來加速您的Pandas工做流程。

modin

99.R語言包bigmemory,建立,存儲,訪問和操做大量矩陣。

bigmemory

100.小程序生成圖片庫,輕鬆經過 json 方式繪製一張能夠發到朋友圈的圖片。

Painter

101.Naftis 是一個基於 web 的 Istio dashboard。

naftis

102.nctu-thesis-latex是一個來自chiehmin / nctu-thesis的LaTeX模板。 增長了一些改進,並對格式進行了微調,以符合國立交通大學的論文規範。

nctu thesis latex

103.unity的資源。

awesome unity

104.Python庫pyGAM,Python中的廣義加法模型。

pyGAM

105.R語言包tidyr,使用傳播和收集功能輕鬆整理數據。

tidyr

106.R語言包RcppDist,Rcpp包提供了一個C ++庫,能夠更容易地將C ++與R一塊兒使用.R和Rcpp爲各類統計分佈提供函數。

RcppDist

107.爲CSC筆記本配置JupyterLab環境。

JupyterLab CSC env

108.R語言包rsyslog,系統日誌的R接口,即POSIX系統記錄器API。

rsyslog

109.R語言包hbrplot,製做HBR 2x2圖。

hbrplot

110.Chromium Embedded Framework(CEF)官方鏡像。 一個簡單的框架,用於在其餘應用程序中嵌入基於Chromium的瀏覽器。

cef

111.在Julia實施Jacobi-Davidson。 該方法能夠用做Julia's eigs的替代方法,以找到大型稀疏矩陣的一些特徵值和特徵向量。

JacobiDavidson.jl

112.Python庫xarray,Python中的N-D標記數組和數據集。

xarray

113.pytorch-非肯定性。

pytorch non determinism

114.R語言包remotes,從GitHub,GitLab,Bitbucket,git,svn存儲庫,URL安裝R軟件包。

remotes

115.將R Markdown文件渲染成ppt。

powerpoint

116.Tensorflow的R實現。

tensorflow w r

117.ranger是一個帶有VI鍵綁定的控制檯文件管理器。

ranger

118.幻燈片模板合集。

awesome beamers

119.學習cmake。

learning cmake

120.在JavaScript和瀏覽器中製做生成藝術做品的框架。

canvas sketch

121.R語言包jsonify,將R的對象轉化爲json。

jsonify

122.R語言包jsonparse,用R快速解析json。

jsonparse

123.深度學習500問,以問答形式對經常使用的機率知識、線性代數、機器學習、深度學習、計算機視覺等熱點問題進行闡述,以幫助本身及有須要的讀者。

DeepLearning 500 questions

124.可從AWS資源訪問的公共數據集的存儲庫。

open data registry

125.R語言包malariaAtlas,由瘧疾地圖集項目主辦的開放式瘧疾數據的R接口。容許您下載寄生蟲率數據(惡性瘧原蟲和間日瘧原蟲),41種主要瘧疾病媒載體的發生數據,以及瘧疾地圖項目的模擬柵格輸出。

malariaAtlas

126.R語言包geojson,R語言中的geojson類。

geojson

127.中文學位論文 LaTeX 模板框架——本項目是國內高校學位論文 LaTeX 模板的一個編寫框架, 包括模板代碼、註釋、文檔,示例論文,以及用於維護模板的持續集成和單元測試。

ChinaThesis

128.Python庫xclim,一個計算氣候指數的函數庫。它基於xarray,能夠從dask提供的並行化中受益。 它的目標是讓用戶儘量簡單地計算大型氣候數據集的指數,並讓科學家用不多的樣板來編寫新的指數。

xclim

129.全球大陸到最近城鎮的綜合旅行時間數據集。

worlddally

130.編程語言:空間編程語言,Ascii Text。

SPLAT

131.R語言包pbdMPI,除了少數例外(ff,bigalgebra等),R在內存中進行計算。當數據變得太大而沒法在單個節點的內存中處理時,或者看成業須要比商用硬件(~16)中提供的處理器更多的處理器時,典型的策略是添加更多節點。 MPI或「消息傳遞接口」是管理多節點通訊的標準。 pbdMPI是一個大大簡化了R中MPI使用的軟件包。

pbdMPI

132.RStudio Addins簡化Markdown寫做。

remedy

133.BEAM表明行爲,能源,自治和流動性。 該模型正在做爲勞倫斯伯克利國家實驗室和加州大學伯克利分校交通研究所可持續交通系列研究的框架而開發。BEAM擴展了多智能體運輸仿真框架(MATSim),以實現對城市交通系統的強大且可擴展的分析。

beam

134.r中可用的綜合調色板列表。

r color palettes

135.機器學習環境 - alpha版本。

vergeml

136.集合流量預測模擬。科羅拉多盆地河流預報中心生成科羅拉多州西部積雪融流的預報。科羅拉多河流域的油藏管理者使用這些預測來決定對用水者的適當分配。該地區的許多做物生產者特別依賴這些分配,由於他們的做物主要依靠灌溉。必須在一年中的關鍵部分進行種植決策(種植做物和種植多少),他們不能改變主意。咱們有興趣量化該地區農民預測改進的價值。使用農業企業預算模型和做物生產曲線,咱們但願在具備各類技能的假設預測集合下模擬收入結果,並將其與基於歷史流量的收入進行比較。雖然咱們有歷史預測和觀察到的流量數據,但這項任務須要對如何模擬各類預測技能水平的預測進行大量模擬。咱們正在尋找有興趣模擬水文數據集,預測,耕做或集思廣益的人們如何最好地量化信息的價值。

EPS Simulation

137.R語言包FedData,它實現了自動下載幾個聯合數據源(主要是美國聯邦政府維護的源)的地理空間數據的功能。

FedData

138.如下是咱們用於教授2018年數據研究所的全部材料:幻燈片,練習,連接和家庭做業。

data institute 2018

139.咱們如何分析芝加哥和庫克縣的商業和工業產權評估。這段代碼用於故事分析,「庫克縣評估員如何使納稅人失敗」。

propertyassessments

140.QNNPACK(量化神經網絡包)是一種用於低精度高性能神經網絡推理的移動優化庫。 QNNPACK在量化的8位張量上提供卷積,反捲積和徹底鏈接的神經網絡算子的實現。

QNNPACK

141.安裝YML文件,用於在不一樣環境中安裝GIS Python包。

install

142.用於曲面自適應曲面細分的iPASS渲染技術的演示應用程序。

PixAccCurvedSurf

143.使用xarray,xgcm和pangeo分析MITgcm ECCO模擬輸出的示例。

pangeo ecco examples

144.從xarray數據集生成批處理。

xbatcher

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