BrainWeb: Simulated Brain Database使用說明

BrainWeb: Simulated Brain Database使用說明

做者：凱魯嘎吉 - 博客園 http://www.cnblogs.com/kailugaji/

BrainWeb: Simulated Brain Database
http://brainweb.bic.mni.mcgill.ca/brainweb/

    數據集選自McGill大學Montreal神經所大腦成像中心的Brain Web反震腦部MR圖像數據庫。該數據庫包含基於兩種解剖模型的模擬腦MRI數據：正常和多發性硬化（MS），而且提供了人工合成三種模態(T1-, T2-, PD-)下的三維腦MR圖像。圖像中包含不一樣的掃描厚度、噪聲以及偏移場，且該數據庫對於全部腦MR圖像均提供了標準分割結果。

1、文件命名規則

1.模態 T1,T2,PD
2.協議 icmb
3.腦圖像名字：正常
4.切片厚度 1mm,3mm,5mm,7mm,9mm
5.噪聲水平 pn0=0%;1%,3%,5%,7%,9%
6.灰度不均勻水平 rf0=0%;20%,40%

2、文件下載格式： .rawb

以正常腦數據庫爲例，模態= T1，協議= ICBM，幻像名稱=正常，切片厚度= 1mm，噪聲= 0％，INU = 0％

點擊下載便可，下載以後格式爲.rawb文檔，用matlab打開文件及數據。

function g = readrawb(filename, num)
% 函數readrawb(filename, num)中的第一個參數filename是欲讀取的rawb文件的文件名，第二個參數num就是第多少張。
fid = fopen(filename);
% 連續讀取181*217*181個數據，這時候temp是一個長度爲181*217*181的向量。
% 先將rawb中的全部數據傳遞給temp數組，而後將tempreshape成圖片集。
temp = fread(fid, 181 * 217 * 181);
% 因此把它變成了一個181*217行，181列的數組，按照它的代碼，這就是181張圖片的數據，每一列對應一張圖。
% 生成圖片集數組。圖片集images數組中每一列表示一張圖片。
images = reshape(temp, 181 * 217, 181);   
% 讀取數組中的第num行，獲得數組再reshape成圖片原來的行數和列數：181*217。
image = images(:, num);
image = reshape(image, 181, 217);
g = image;
fclose(fid);
end

function init_image(filename,num)
% 函數init_image(filename,num)中的第一個參數filename是欲讀取的rawb文件的文件名，第二個參數num就是第多少張。輸出爲原始圖像，未處理
%例如：init_image('t1_icbm_normal_1mm_pn0_rf0.rawb',90)， init_image('phantom_1.0mm_normal_csf.rawb',90)
read=readrawb(filename, num);
% 旋轉90°並顯示出來
read=imrotate(read, 90);                                        
imshow(uint8(read));
end

在命令行窗口輸入

init_image('t1_icbm_normal_1mm_pn0_rf0.rawb',90)

便可得到第90層的腦MR圖像。

3、離散標籤命名規則

0=Background,背景
1=CSF,腦脊液
2=Grey Matter,灰質
3=White Matter,白質
4=Fat,脂肪
5=Muscle/Skin,肌肉/皮膚
6=Skin,皮膚
7=Skull,顱骨
8=Glial Matter,膠質
9=Connective,鏈接