具備相同功能的基因被歸類到kegg orthology 中，每一個KO 表明具體的一個功能。在生命活動中，每每須要多個功能單位共同發揮做用，好比多個蛋白質構成複合體來發揮調控做用，此時多個KO就整合在了一塊兒。這個例子說明在KO 之上，必然還存在一個分類系統，將參與同一過程的多個KO劃分在一塊兒。實際上，KEGG Module 數據庫就是存儲這種信息的數據庫。數據庫
KEGG Module 數據庫中的每條記錄表明一個功能單元，是多個KO的集合,叫作kegg module, 經過大寫字母M和數字進行標識；微信
module 數據庫包含如下4大類別的功能：spa
pathway modules.net
structural complexescode
functional setsblog
signature modules圖片
更加詳細的分類信息能夠在brite 數據庫中找到，見如下連接get
http://www.kegg.jp/kegg-bin/get_htext?ko00002.kegit
和pathway 相似，對於每條module 的記錄，都有一張對應的圖片，叫作module map。io
M0002對應的map 以下圖
結合其詳細信息，咱們來理解下module 的構成
從Definition 字段的信息，咱們能夠看到每一個Module 有多個KO 構成，那麼這些KO 之間有什麼樣的關係呢，這就要從definition 字段的定義提及！
被空白分隔的每一個字段叫作1個block, M0002 能夠分紅如下5個主要的block
K01803
((K00134,K00150) K00927,K11389)
(K01834,K15633,K15634,K15635)
K01689
(K00873,K12406)
在這裏，空格表明的是邏輯與 AND 的關係，表示這5個block 一塊兒發揮做用；
在(K01834,K15633,K15634,K15635) block 中，逗號表明邏輯或OR的關係，任何一個KO均可以起到這個blcok的做用。
注意在 ((K00134,K00150) K00927,K11389) 中同時出現了逗號和空格，爲了正確區分，還使用了圓括號。圓括號內爲1個block, 因此K00134,K00150 爲1個block, 這個block 和 K00927 用空白分隔，因此是AND關係，而逗號鏈接的是(K00134,K00150) K00927 和 K11389 兩個block。 因此這個block對應的map 就是上圖展現的那樣。理解了definition 字段的信息，不難發現根據該字段的信息，能夠計算出這個module 對應的map。
除了空格和逗號以外，definition 還會出現 +， - 。好比((K01878+K01879),K14164,K01880), 加號表明兩個KO一塊兒做爲一個block發揮做用，對應的map 圖爲
減號表明可選項的意思，表示這個block無關緊要。好比K01866 K01873 -K07587 -K11627 -K01884。減號鏈接的block 雖然無關緊要，可是在map圖中仍是會出現的。
因爲module 由KO 發展而來，因此module 也是跨物種的概念。對於每一個物種而言，也有該物種對應的module, 好比M0000 在human中對應的記錄爲hsa_M00002；
在物種的module 中，根據包含的block的個數，能夠劃分紅兩類
complete module, 包含reference module 中全部的block;
incomplete module , 只缺乏了1個或者2個block;
在物種對應的module map 中，會對該物種對應的KO高亮顯示
總結
KEGG Module 數據庫是對KO的整合，每一個module 表明1個功能單元，是多個KO的集合；
Module 由block 構成，definition 字段的信息須要理解空格，逗號，加號，減號的不一樣含義，根據definition 字段的信息能夠計算獲得module map;
3.module 是跨物種的概念，最原始的叫作reference module, 定義了block的數量； 物種對應的module 根據包含的block的完整性，能夠分爲complete module 和 incomplete module; 在物種對應的module map 中，對應的KO會高亮顯示
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