三代測序數據分析軟件Canu的安裝和使用(連載1)

1、Linux服務器安裝canu

1.   下載canu（版本canu-1.4）

   首先打開Canu安裝包下載網頁：https://github.com/marbl/canu/releases

   下載Source code並上傳到服務器上：

2.   解壓文件、編譯

   按照一下安裝步驟安裝便可：

 

3.   設置環境變量

安裝完成後，添加環境變量:

$ vi ~/.bash_profile 

    export PATH=/public1/your-directory/canu-1.4/Linux-amd64/bin:$PATH

$ source ~/.bash_profile

2、安裝GNUPLOT

確保你服務器有安裝 GNUPLOT和1.8版本以上的JAVA

如何安裝GNUPLOT？

1.   下載gnuplot（版本5.0.5）

   進入下載頁面：https://sourceforge.net/projects/gnuplot/files/gnuplot/5.0.5/

2.   解壓文件、配置安裝路徑、編譯

$ tar -zxvf gnuplot-5.0.5.tar.gz

$ ./configure --prefix=/public1/home/Serenity/installed_software/gnuplot-5.0.5

$ make

$ make install

 

3.   配置環境變量、編譯

$ vi ~/.bash_profile

    export GNUPLOT=/public1/home/Serenity/installed_software/gnuplot-5.0.5
    export PATH=/public1/home/Serenity/installed_software/gnuplot-5.0.5/bin:$PATH
    export MANPATH=/public1/home/Serenity/installed_software/gnuplot-5.0.5/share/man/man1:$MANPATH

$ source ~/.bash_profile

 

3、Canu的簡單使用

1.   設置spec文件

$ vi spec.txt

useGrid=1
gridOptions=-S /bin/bash -q all.q -l mem_free=60g
gridEngineThreadsOption=-pe mpi THREADS
gridEngineMemoryOption=-l mem_total=MEMORY
corOutCoverage=80
ovbMemory=8g
maxMemory=500g
maxThreads=48
ovsMemory=8-500g
ovsThreads=4
oeaThreads=4

2.   運行

$ canu -s spec.txt -p ecoli -d ecoli-auto genomeSize=4.8m -pacbio-raw p6.25x.fastq