測序分析軟件-trimmomatic的記錄

1.下載相關軟件，網址：http://www.usadellab.org/cms/index.php?page=trimmomatic，它有源代碼和二進制兩種文件（建議都下載，而後合併成一個文件，由於裏面的文件之間有互補性）

2.解壓：unzip trimmomatic.zip 添加至環境變量中 vi ~.bashrc

3.trimmomatic有兩種運行模式：paired end 和 single end (具體的區別本人目前還不太清楚？？)

4.paired end模式運行的命令(舉例)：

Java -jar trimmomatic.jar PE -phred33 input_forward.fa.gz input_reverse.fa.gz output_forward.paired.fa.gz out_forwad_unpaired.fa.gz out_reverse_paired.fa.gz out_reverse_unpaired.fa.gz ILLUMINACLIP:Truseq3-PE.fa:2:30:10 LEADING:3 TRAILING:3 SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:36

5.single end模式運行的命令：（舉例）

Java -jar trimmomatic.jar SE -phred33 input.fa.gz output.fa.gz -trimlog output.log ILLUMINACLIP:Truseq3-SE.fa:2:30:10 LEADING:3 TRAILING:3 SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:36

具體的trimmotimac的參數用法：參見網址：http://www.usadellab.org/cms/index.php?page=trimmomatic