生信 - 從repeatmasker傳送門過來的 blast

之前有的是非完整時間寫的博客，抽時間須要統一整理一下。

 

今天在從新裝repeatmasker。

整個過程是這樣的，有關聯的事情有兩個。

1. 裝repeatmasker須要各類Prerequisites，其中就可能用到了blast，而以前一直找這個版本的blast，在ncbi硬是沒有找到：

• For RMBlast ( NCBI Blast modified for use with RepeatMasker/RepeatModeler ) please go to our download page: http://www.repeatmasker.org/RMBlast.htm

blastdb_aliastool blastn deltablast makeblastdb rmblastn tblastn
blastdbcheck blastp dustmasker makembindex rpsblast tblastx
blastdbcmd blastx get_species_taxids.sh makeprofiledb rpstblastn update_blastdb.pl
blast_formatter convert2blastmask legacy_blast.pl psiblast segmasker windowmasker

2. 我有一些基因，須要找一下這些基因在各個物種的基因組上的位置，並註釋出來。

而後我用了ncbi的版本：好吧，區別不到，少了 rmblastn 

3. 安裝repeatmasker

按照路徑指示沒有問題

4.安裝repeatmodeler

perl ./configure

#

The following perl modules required by RepeatModeler are missing from
your system. Please install these first:
JSON

沒看懂，去找，沒找到怎麼下的

$ wget https://centos.pkgs.org/7/centos-x86_64/perl-JSON-2.59-2.el7.noarch.rpm.html

$ rpm2cpio perl-JSON-2.90-1.of.el7.src.rpm |cpio -div

$ tar zxvf JSON-2.90.tar.gz

$ perl Makefile.PL

make

make install

完事

4.繼續裝repeatmodeler，

**REPEATMASKER INSTALLATION PATH** 　　將repeatmasker的路徑餵給它

**RECON INSTALLATION PATH**　　找找這個是啥

RECON - De Novo Repeat Finder, Bao Z. and Eddy S.R. Developed and tested with our patched version of RECON ( 1.08 ). The 1.08 version fixes problems with running RECON on 64 bit machines and supplies a workaround to a division by zero bug along with some buffer overrun fixes. The program is available at: http://www.repeatmasker.org/RECON-1.08.tar.gz. The original version is available at http://eddylab.org/software/recon/.

**RepeatScout INSTALLATION PATH**

RepeatScout - De Novo Repeat Finder, Price A.L., Jones N.C. and Pevzner P.A. Developed and tested with our multiple sequence version of RepeatScout ( 1.0.6 ). This version is available at http://www.repeatmasker.org/RepeatScout-1.0.6.tar.gz

http://bix.ucsd.edu/repeatscout/

**NSEG INSTALLATION PATH**

http://www.pdas.com/packages/nseg.zip

不對

 ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/seg/nseg/.

而後就能夠了。

繼續報錯：

exist! RepeatModeler will not run correctly without these

而後去看貼吧

'm only guessing, but [n??] sounds like the extensions of files generated by formatdb when creating nucleotide database. Given that RepeatMasker.lib is a FASTA file, maybe you need to run formatdb on it.

./makeblastdb: /lib64/libc.so.6: version `GLIBC_2.14' not found (required by ./makeblastdb)

因此可能存在的問題有兩個，一個是沒有建庫，一個是建庫軟件錯誤，沒法建庫。

不行！！！繼續找別人的經驗

不想折騰了，下載RepeatModeler-2.0.tar.gz

注意，若是不想折騰的話，不要選yes，我去下載LTR_Retriever，MAFFT

說實話，我想回滾了。

wget http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/mafft-7.158-without-extensions-src.tgz （備份一個wget http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/mafft-7.158-gcc_fc6.x86_64.rpm）

按照說明安裝和編譯，repeatmodeler說不想玩，下另外一個，OK

https://github.com/traviswheelerlab/ninja/releases/tag/0.95-cluster_only

make all

應該通關了吧。

Congratulations! RepeatModeler is now ready to use.

今天準備將全部的經常使用軟件備份到本身的網站undef.cn裏面，可是這個網站尚未備案，因此能夠先在cospure.cn上看到。

以上，repeatmodeler安裝通關記錄

abyss king