生信分析-windows-blast序列比對

這是一個嘗試性的文章，能不能解決我要解決的問題，並不清楚。

===本文利用NCBI的blast界面，實現將短序列比對上reference基因組，並實現變異位點可視化。===補言===

比對經常使用的是NCBI網站，打開NCBI。（百度 谷歌直接搜索NCBI， 如今中國也在搭建和完善國家生物信息中心，一個是位於深圳的國家基因庫，由BGI代運營，一個是北京的國家生物信息中心，由BIG開發和運營）。

 

 

核苷酸序列比對選默認的blast就好，其餘的比對模塊能夠自行查看，有必要的狀況下公衆號再講。

搜索本身想要比對的物種（reference）。

 

serch （點擊搜索）

好了，database已經爲咱們選定的物種基因組（可自行選擇版本），若是沒有基因組的話，可能須要本身上傳或者是其餘的辦法（本處未作嘗試）。

 

 輸入須要查找的序列，或者文件。

格式爲fasta格式，以下（關於序列的格式文件說明，能夠參見鄙人公衆號）：

>ID1

ATCG

>ID2

ATCG

...

 

 類似度通常用默認的，我的習慣在新的頁面打開，而後點blast。

 

 我給的是雙子葉植物的一段序列，不負衆望，沒有搜到任何信息。

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下面我想找一段同物種的基因：

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 管它三七二十幾（這裏省略了約三個步驟），終究找了一段序列，貼進去看看效果：

 

而後結果：

 

 

 沒錯，就是這段，點開果真是100%的類似度。

 

 

 如今我突變3個位點，再比對一次。

 

 

 

 能夠看到類似度變低了：右側pre.ident 爲99.75%（前一分鐘是100%）。

 

 三個位點發生了差別。

 

 能夠看到被人爲突變的位置是沒法對齊的，可是沒有顏色標記不是很好看。

 繼續，打開右邊的可視化頁面：

 

 可視化信息以下：

 

 

點擊紅色的query（沒錯，這就是剛剛輸入的sequence，如今被重命名爲Query_8543），能夠看到咱們以前人爲作的三個突變位點，以下(紅線所示)：

 

 

 放大mismatch的位點，能夠看到詳細的鹼基信息：

 

 

 以上，

abysw