學習日記-4月

4/5/2017

linux:

仍是跟3月份的教程是同樣的，不過學到了day2了

剛開始看了下fastq的格式（如今是幾乎全部的illumina測序平臺的通用格式了），而後fastq一個數據有有4行，分別是ID，序列讀長，+，和對應的測序質量。這些都是能夠在百度或者谷歌搜到的（下次準備單獨更新市面上的測序格式）

常見的fastq格式的命令

zcat filename | grep ^*** | wc -l         以***開頭的有多少行

                     | less                              查看具體的數據

                     | head -n 4000 > top_1000.fastq 將前4000行截下來，而後保存（注意，因爲一個讀長數據佔的是4行，因此咱們只能得到1000個數據）

　　　　　　　| tail -n 4000 > bottom_1000.fastq

而後學習了paste命令，最經常使用的就是

zcat filename.fastq.gz | paste - - - -(這裏的「-」之間是有空格的！！！！)，而後就能把原來4行的fastq一個數據變成了以一個4列格式顯示。（若是不是很懂這個命令，能夠先用ls | paste - -先試試）

zcat filename.fastq.gz | paste - - - - | head -n 1000 > top_1000.txt(這裏，因爲4行變一行，因此只須要取前1000行便可)

具體的paste的用法可見，http://logo32.iteye.com/blog/1316299

而後初步地學習了linux的大殺器-awk編程

但光看那個手冊不是很懂。。。我以爲我得找本資料或者書去看看。。。。。忽然感受我要從入門到放棄了。。

暫定這個網站：http://www.zsythink.net/archives/tag/awk/

 

4/8/2017

 linux:

學習了評估illumina數據的質量（先前已經有過一篇了，可見3月份的生物信息學-教學------  用FastQC檢查二代測序原始數據的質量，不過那篇是轉載的）

 上面提到了windows下跑很慢，由於你得鏈接到fastqc的服務器上，因此仍是linux下跑比較快。

python：

學習了字符串的轉化，初步瞭解了下元祖（tuple）

學習了python的類型轉化，int（），float（），str（），bool（）--待學

瞭解了下函數，本身寫了個弱雞函數，注意def sayHello（）：-----（）和：都不能少，下面的tab縮進！！也不能少，還有不能在定義的函數裏面再調用自身。

而後仍是決定用筆，紙記筆記了，趙奶奶貌似之前說過抄程序其實也是有幫助的。

 

4/10/2017

python:

學習了python的加參數

4月的事應該忙完了，應該能夠抽出時間來學習編程了，接下來要把R語言也加上了。

 

4/11/2017

python:

學習了函數的簡單使用，大體跟VB仍是差很少。但要注意，python的函數是要有返回值的，即return，若是沒有返回值，會獲得一個None的對象，具體也能夠見

https://www.zhihu.com/question/23765556/answer/25592016

http://www.iplaypy.com/jinjie/return.html

這兩篇綜合起來看

cross 先生最後說到：函數能夠把某個功能的代碼分離出來，在須要的時候重複使用，就像拼裝積木同樣，這會讓程序結構更清晰。讓我忽然感受其實函數跟合成生物學有點類似，都是把一類東西封裝了，想用的時候拿出來用就好了

4/13/2017

python:

學了if，else，elif。大體跟VB仍是同樣，有點明白return這個東西了。

感受最近愈來愈忙了。。。。。

4/22/2017python：

學了list相關的內容，學了索引，還學了切片。注意切片的話，開始位置包含在切片裏面，結束位置不包含。