學習日記-3月

3/24/2017

python：

利用crossin的編程教室，學習了python的random模塊，並用隨機數編了一個弱智小遊戲。。。

linux：

利用Sequence Data Analysis Training School這個莫名的網上教程，再次學習和鞏固了基本的命令，

ls-lists files in a directory  固然還能夠加參數，好比-l，-a等等，固然ll至關於ls-l了

man+command - provides help for a command.來看。(這個命令相似於軟件+ -h)

man-k 當你想要進行某種任務，但殊不知道命令時，能夠用這個命令，例如man –k list 會列出全部跟list相關的命令。

 

3/25/2017

python：

學習了python的bool邏輯值，True False（注意這兩個字母開頭要大寫，跟VB那種不區分大小寫的徹底不同）。而後還要注意=是賦值，而==是相等。

linux:

學習了linux的文件命名

1）特定的字母不能用（額，還沒遇到過）    2）linux不能處理在文件名中的空格，好比你mkdir my document，linux會建立my和document兩個文件夾。這時候你只有用引號引發來「my document」或者加\反斜線，my\document才能夠。  3）linux不區分大小寫。

 

3/26/2017

python:

學習了python的for命令，for i in range(1,10)，還作了一些題    而後要注意input和raw_input的區別。而後還發現若是你想在一行裏面定義多個變量，應該用分號；，而不是像VB同樣用：

linux:

從新學習了cd,pwd，mkdir等常見命令,再次感慨下linux的tab補齊功能（忽然想到個人虛擬機上尚未裝好vim的插件。。。因此敲python代碼的時候仍是很麻煩的，不過仍是等我python到了必定程度再裝吧。）

而後發現了又一個神器，history命令，能夠看到以前的全部你敲過的命令，而後history命令還能夠加參數，好比history 30，能夠只顯示過去的30條命令,而後你想要用哪條命令，直接！加數字便可，好比！12.（其實加數字提取感受不是很實用唉，還不如在history中選中右鍵呢直接就能夠複製並執行命令了）

而後還試了下gedit。。。發現打不開，還不如vim呢

文檔裏面講了三種提取文本的方法（不止於txt），cat more less，筆者推薦了more or less，但cat其實後面加參數也是能夠的。這些提取方法再靈活運用liunx的|管道功能，仍是闊以的在有些方面。

而後還提到了more或者less的又一個功能，即你在讀完文本後，好比加/ATCG,就能夠在你所見的頁面下面找ATCG，加？ATCG，就能夠在你所見的頁面上面找ATCG。而後按n鍵至關於向上的箭頭，N鍵至關於向下的箭頭。

以水稻基因組爲例

 

3/27/2017

python:
瞭解了python的字符串，在python裏面單引號和雙引號意思是同樣的，但當你若是你想表示一段帶有英文單引號或者雙引號的文字，那麼表示這個字符串的引號就要與內容區別開。好比「I‘m Shangguandong」

但能夠用\'來表示單引號，做爲轉譯，同時也能夠試試\n（做爲換行），\還能夠再代碼中換行而不影響輸出結果，具體的這些可見crossin的編程教室以及個人做業。

同時更方便的是"""用三個引號上下框起來，這樣隨便你單引號雙引號了。

而後還學習了字符串的格式化，瞭解到了%的用法，發現不只能夠用來作不一樣變量類型之間的替換，還能夠在任意地方添加東西。而後強化了個人弱智小遊戲

ps：不得不說，python真的真的代碼比VB優美多了。。。

 

linux:

複習了cp，基本的規則是：cp + 文件+路徑

1）若是你在路徑沒有加，就會cp在當前的路徑下

2）若是你的選擇的路徑在當前是不存在的，則建立

能夠用通配符*，如sgd-RNA/*，這樣能夠把sgd-RNA文件下的全部文件都拷貝到另外一文件夾。

而cp —R則能夠利用遞歸（recursive）把sgd-RNA文件下包括子文件等等都拷貝

 

複習了rm，rm + 文件名（可多個）

1)當rm空文件夾時，可直接rmdir+文件夾名。但若是文件夾內有內容，則需把全部的內容都清空，再rmdir，或者直接使用遞歸，rmdir -r

 

進一步瞭解linux中我最喜歡的一個命令，管道(piping)  "|"

1)當你想看某個目錄下的文件（目錄，路徑貌似有點搞混了），通常會使用ls命令，但有時候ls出來有太多文件，一頁放不小，這時候就能夠用管道了。這樣就能夠逐步地把文件list出來。

2)管道其實能夠用來提取序列，好比你只想要水稻第3條染色體的序列，就只須要用grep加一些正則表達再| > newfile，就能夠把第3號染色體提取出來了。

wc命令，即爲（word counting），能夠計數用，加個-l啥的就能夠幹好多事，就好比數ATCGGGG這個再染色體裏出現裏幾回啥啥的。

grep命令，用來搜索，配合正則表達式簡直高效的不要不要的。。。。（而後grep還能夠加參數，好比 -v ，就等於把ATTCGG所有剔除掉）

但grep在搜索一個文本中的特定內容時貌似能夠直接搜索，好比 grep ATTCGG rice7.fa --color ，就能夠把全部包含ATTCGG的顯示出來。

但當搜索目錄下的文件名時，grep "R" .就 不能夠，仍是得依靠ls . | grep "R" ,ls先列出來，經過管道再給grep搜索

而後忽然機智地想到，若是想要提取第1條染色體和第2條染色體之間的序列（之間趙汀學長用perl試過，但我以爲python應該也有，但我還沒學到），就能夠用以下命令，找到第2條的行數，再用sed命令便可

 

 

3/28/2017

linux:

學習了linux的權限：linux的用戶被分爲了user，group，others這三組，而後你對於文件又有三種權限，r（read），w（write），x（execute）。

咱們以服務器爲例，當你進入服務器後，就會帶有一個用戶身份（user  ID，UID）和一組身份（group ID，GID）。通常來講用戶信息保存在/etc/passwd中，組信息保存在/etc/group中(雖然我在服務器裏沒看見。。。)

言歸正傳，能夠看到下面的9位權限說明，以123.py爲例咱們依次來解讀。

第一個符號表明的是類型，「-」表明這是個文件，「d」表明這是個directory，「l」表明這是個鏈接（link）或者快捷方式（shortcut）

第一組（後3位）表示，若是個人名片上的用戶身份證實我是該文件的擁有者，那麼我就能夠對該文件有讀取(r)，寫入(w)該文件的權限，但不擁有執行(-，若是擁有執行權限，則爲x)該文件的權限。第二組表示，若是個人名片上的組身份證實我所在的組是該文件的擁有組的一員，那麼我有從該文件讀入和寫的權限。第三組表示，若是個人名片顯示我既不是擁有者，也不是擁有組的一員，那麼我只有讀入的權限。當我想要進行一個讀取操做時，Linux會先看我是不是擁有者。

爲了改變咱們對文件的權限，咱們可使用chmod命令。

chmod用u，g，o分別帶表明user，group，other，用r，w，x表明讀寫執行

使用規則如 chmod u=rw filename

關於具體的權限，以及linux的一些基本知識，推薦你們能夠去

http://www.cnblogs.com/vamei/archive/2012/10/10/2718229.html這個博客，很是的詳細。

 

3/30/2017

python：

學習了python的循環嵌套，跟VB應該是同樣的（就是縮進要注意點）。

for i in range(0, 5):

 

   print '*',

這樣有「，」逗號的話，就會輸出一直在一行，若是不加「，」，每次會逐行打印。而後發現vim編輯器我尚未添加degug功能，決定跟tab補全這種插件一塊兒，等之後要用到了再添加吧

 

 

linux:

學習了head和tail，能夠輸出你要讀取的文件的前n行或者最後n行，具體使用爲

head -n 數字 filename

學習了重定向（Redirection）。

首先咱們必須瞭解什麼是重定向。每一個命令有輸入源和輸出目的地，默認行爲，是標準輸入和標準輸出。大多數狀況，標準輸入是鍵盤，標準輸出是屏幕。能夠爲單獨的操做修改輸入和輸出，這就是重定向。重定向可使某個命令從源文件輸入而不是鍵盤，或輸出到顯示器之外的地方（好比存儲到文件）

使用<和>來定義輸入和輸出源。使用>>追加到文件的末尾（即不會覆蓋原來的內容，只會在文件的末尾加上內容）。

好比：sort<terms>terms-alpha，就意味着這個命令將terms文件中的條目排序，而後輸出到terms-alpha文件。

而前面說過的管道，就是把把輸入和輸出重定向結合到一塊兒，將一個命令的輸出當即做爲另外一個命令的輸入。

sort<terms>terms-alpha | mail fred

執行前面的操做後，將terms-alpha文件郵寄給fred。

前面來自於linux公社，這裏咱們再次以服務器上的內容爲例

咱們把head的內容輸出到了123.txt這個文件中而非屏幕上

咱們把head的內容輸入到了管道中，再由管道輸出，而後grep「A」，而後再把grep的內容輸出到了1234.txt上。

注意：>這個符號常常被用做序列中，好比>Chr01，全部當你搜索>時，必須加上「」，否則會出錯。

 學習了linux的壓縮包,通常測序數據的壓縮包爲兩種。

一種是.tar.gz files (sometimes names .tgz) ，對其的命令通常爲

gunzip < filename.tar.gz | tar xvf -
gunzip < filename.tgz | tar xvf -

也有說直接tar zxvf filename.tar.gz的，下次遇到了再試試吧

一種是.gz 對與這個，只須要gunzip filename.gz,或者你想看內容 用zcat filename.gz

對於linux下的解壓，具體能夠看這篇文章http://blog.csdn.net/stark_summer/article/details/43233605

其餘的一些小tips：

1.proces不想跑了，用ctrl+c

2.結束終端，用exit

3.屏幕太煩，用clear

4.用putty的時候，若是你想要複製什麼，高亮（就是用鼠標選擇）+右鍵。從windows到liunx，ctrl+c，右鍵

啊啊啊啊啊，終於在3月的尾巴結束了基本的linux的瞭解，轉入4月份的學習計劃