以前小編已經給你們推薦過幾個單細胞數據庫：PanglaoDB、SpatialDB、CancerSEA...web
此次，一次性推薦兩大單細胞經典數據庫：scRNASeqDB和SCPortalen。數據庫
scRNASeqDBexpress
第一我的類單細胞轉錄組數據庫微信
這個數據庫是由美國的研究人員開發的，包含了目前幾乎全部可用的人類單細胞轉錄組數據集（n=38），覆蓋200我的類細胞系或細胞類型和13440個樣本。工具
scRNASeqDB數據庫大數據
scRNASeqDB能作什麼？spa
用戶可根據基因或細胞類型搜索基因表達的信息，同時scRNASeqDB還提供可查詢和可視化工具，包括基因、細胞類型或羣體間差別表達基因的註釋信息，另外用戶還能夠經過Dataset View功能瀏覽數據庫的數據信息。.net
按基因名稱搜索功能示例3d
用基因名稱或ID搜索，獲得目標基因在各數據集中的表達狀況，點擊gene view按鈕，便可查看基因的通常信息、表達的熱圖/盒形圖及列表、與目標基因最相關的100個基因的功能註釋。blog
按細胞類型搜索功能示例
用細胞類型搜索，獲得細胞類型相關的數據集列表，點擊細胞類型名稱進入Cell view，用戶能夠查看查詢的Cell類型中排序的基因以及該特定Cell類型中兩個基因之間的關係。
Browse功能示例
用戶可以使用Browse功能經過Dataset View查詢數據集的全面描述信息，經過歸因和降維聚類的方法用於基於數據集構建細胞簇。同時，顯示數據集中兩個細胞類型之間差別表達基因的列表以及差別表達基因的GO和KEGG註釋。
SCPortalen
以人類和小鼠爲中心的單細胞數據庫
這個數據庫是由日本的研究人員開發的，涵蓋了人類和小鼠單細胞轉錄組學全面的元數據和轉錄組數據以及細胞圖像信息。
SCPortalen數據庫
SCPortalen能作什麼？
經過SCPortalen的web界面，用戶能夠輕鬆地搜索、瀏覽和下載感興趣的單細胞數據集。
SCPortalen數據庫功能示例
用戶可經過細胞圖像數據集和轉錄組數據集兩個模式使用SCPortalen數據庫，以轉錄組數據集模式爲例，點擊進入轉錄組數據集頁面，能夠了解數據集的基本信息，數據保存地址，下載PCA，t-SNE等圖片信息，還能夠搜索某個基因表達的FPKM值。
以上兩大數據庫中收錄了目前已發表的單細胞數據信息，你們能夠下載這些數據自行分析，或利用數據庫自帶的工具查詢驗證本身的實驗結果。
scRNASeqDB訪問地址：https://bioinfo.uth.edu/scrnaseqdb/.
SCPortalen訪問地址：http://single-cell.clst.riken.jp/.
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參考文獻
[1] Cao Y, Zhu J, Jia P, et al. scRNASeqDB: a database for RNA-Seq based gene expression profiles in human single cells[J]. Genes, 2017, 8(12): 368.
[2] Abugessaisa I, Noguchi S, Böttcher M, et al. SCPortalen: human and mouse single-cell centric database[J]. Nucleic acids research, 2018, 46(D1): D781-D787.
圖片來源於scRNASeqDB,SCPortalen和參考文獻，若有侵權請聯繫刪除。
本文分享自微信公衆號 - 國家基因庫大數據平臺（close_3080908629）。
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