「用四個字形容單細胞技術web
最貼切的應該是數據庫
火炎焱燚」微信
來自瑞典和美國的研究人員開發了 PanglaoDB數據庫，一個用於探索小鼠和人類scRNA-seq數據的網站，爲單細胞組學研究提供最新的公共scRNA-seq數據資源。其相關研究成果已發表在《Database》。網絡
PanglaoDB數據庫，包含了超過1054個單細胞實驗的預處理和預計算分析，涵蓋了大多數主要的單細胞平臺和分析流程，基於來自各類組織和器官的超過400萬個細胞。在線界面容許用戶查詢和探索細胞類型、遺傳途徑和調控網絡。工具
爲何要構建PanglaoDB？大數據
解決單細胞數據難以訪問的問題網站
scRNA-seq的分辨率達到了史無前例的水平，而且愈來愈多地被用於檢測組織、器官和整個生物體的細胞結構。目前已發表了數百個單細胞測序數據集。然而，單細胞相關的研究數據經常以原始數據的形式存儲，因爲須要使用複雜的計算流程進行數據處理，生物研究人員很難訪問這種格式的數據。spa
雖然目前已經有一些數據庫收集、管理和整合scRNA-seq數據和生物信息工做流到易於訪問的平臺，例如scRNASeqDB和SCPortalen，可是沒有一個數據庫可提供預計算的生物信息分析和從用戶角度進行高級可視化。.net
所以，研究團隊搭建了PanglaoDB數據庫，經過基於web的接口來探索scRNA seq數據。3d
PanglaoDB數據庫和功能概述
PanglaoDB能作什麼？
搜索功能
Q：個人目標基因在哪些細胞表達？
A :用戶能夠通Search功能，查看基因（可以使用and/or搜索多個基因）在細胞中的表達狀況。
在Search頁面用戶經過輸入基因信息（可以使用and/or搜索多個基因），勾選物種及其餘限制條件，獲得搜索結果表及柱狀圖：1）搜索結果表每一行表示一個基因所在的細胞簇。能夠查看物種和組織類型，基因在該簇中表達值的排秩，預測的細胞類型，點擊最後一列的望遠鏡能夠查看整個數據集的詳細信息。2）柱狀圖X軸表示該基因有表達的細胞類型，y軸表示細胞類型中包含的細胞簇數目。
搜索功能示例
瀏覽功能
Q：我想知道小鼠肺間質中的細胞亞型？
A：點擊主菜單上的「Datasets」，再點擊「Samples」，能夠添加限制條件：物種、測序平臺或表頭順序，獲得搜索列表，點擊「view」可查看數據集的基本信息和該數據集的細胞聚類圖，使用t-SNE/UMAP進行降維可視化，不一樣顏色表明不一樣的簇。
瀏覽功能示例（Samples）
Q：如何查看某個細胞亞羣的細胞marker？
A：點擊主菜單上的「Datasets」，再點擊「Cell type markers」，選擇細胞類型，便可獲得細胞類型的基因表達marker列表，綠色的行表示典型marker。發現細胞類型標記不許確，可經過flag按鈕發送錯誤報告
瀏覽功能示例（Cell type markers）
數據下載
用戶可在Bulk data download頁面批量下載數據。
Bulk data download頁面
用戶還能夠使用部署在數據庫上的alona工具進行自有數據的分析。
👉 PanglaoDB訪問地址：https://panglaodb.se/.
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參考文獻
Franzén O, Gan L M, Björkegren J L M. PanglaoDB: a web server for exploration of mouse and human single-cell RNA sequencing data[J]. Database, 2019, 2019.
圖片來源於PanglaoDB和參考文獻，若有侵權請聯繫刪除。
本文分享自微信公衆號 - 國家基因庫大數據平臺（close_3080908629）。
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