生信論文的套路react
ONCOMINE從全景、亞型兩個維度作表達差別分析；數據庫
臨牀標本從蛋白水平確認（或HPA數據庫），很重要；微信
Kaplan-Meier Plotter從臨牀意義的角度闡明其重要性；app
cBio-portal數據庫作基因組學的分析（機制一）；網站
STRING互做和GO/KEGG分析探討可能的信號通路（機制二）；spa
TISIDB/TIMER分析腫瘤免疫特徵（機制三）。.net
前面說過，人類蛋白組圖譜數據庫（The human preotein atlas, HPA）闡釋蛋白的差別表達是最方便的。通常在論文中出現的是病理檢測結果（IHC），特別是能夠結合oncomine的分析結果，對基因在腫瘤和臨近組織的表達進行對比展現。數據庫從TISSUE ALTAS，CELL ALTAS和PATHOLOGY ALTAS角度分別展現蛋白在正常組織、細胞和腫瘤組織中的表達狀況，還展現蛋白在腦組織（BRAIN ALTAS）、血液（BLOOD ALTAS）和代謝（METABLIC ATLAS)中的表達和可能的做用。可是，咱們在使用數據庫的時候，必定要有本身的邏輯，不要被數據庫帶偏。orm
在平時咱們認識基因或者蛋白時，尤爲是咱們不熟悉或者沒見過的基因，想要快速瞭解時，HPA也提供了最好的認識方式。咱們首先要關注的就是基因或蛋白的基本信息——基因名稱、分子大小、細胞定位、基因序列、蛋白大小、結構特色和大體功能。blog
官網進去輸入基因名稱，進入細胞圖譜便可，展現基本信息，圖譜信息和數據真實性等。圖譜與REACTOME是連接的，能夠直接點擊進入。在reactome網站中，咱們能夠查閱基因的功能，結構等信息，以下圖。
排序
結構決定功能，所以，對於基因的特徵結構或功能域，咱們須要心中有數。好比，AQP1是膜轉運蛋白，與外泌體相關。
同時，咱們能夠查到免疫組化結果和免疫印跡的結果，一目瞭然，直觀清晰，咱們會該基因的產物認識就更加清晰和深入。
AQP1在各類細胞系中的表達狀況。爲何有免疫組化和免疫印跡的結果，還要展現RNA檢測的結果？簡而言之就是RNA檢測的結果更全面，而蛋白水平的檢測只是在某些細胞系中有驗證。檢索時，能夠按照器官分佈、起源、分類，表達和字母順序排序。
免疫熒光檢測，雖然生信論文中沒有展現，可是須要的時候，咱們能夠直接用HPA的免疫熒光結果圖來發表論文。同時，若是咱們有條件進行溼實驗的驗證，也能夠參考這些數據。
所以，對於基因，尤爲是未知基因的檢索，我的推薦首先使用HPA數據庫的細胞圖譜，信息全面而直觀，你值得擁有！
本文分享自微信公衆號 - 芒果先生聊生信（from2019to2020）。
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