如何利用HMMER鑑定基因家族成員

一般咱們用的都是經過blast比對來肯定咱們須要的家族成員，首先是比對序列，再次是須要目標物種的蛋白序列，來進行比對，一般比對的時候咱們都須要設定e-value值。今天咱們來學習一下利用HMMER來鑑定基因家族成員。

1 、利用軟件HMMER進行模型搜索，
軟件官網：http://hmmer.org/download.html ，主要用到hmmsearch,已經來自pfam數據庫的隱馬爾可夫模型。記住模型下載是在pfam數據庫中，選擇你本身須要的模型便可，如若沒有你須要的模型怎麼辦呢，這時咱們能夠本身創建模型，請看圖3後一行碼。（所用到的數據都上傳到網盤了，查看：http://132.232.42.33/?p=59）

二、在pfam數據沒有模型的時候，咱們能夠利用clustalX2要比對的序列進行比對，而後會陳勝*.aln文件（注：該軟件的目標文件必須在桌面才能夠添加）。

下載桌面版本：hmmer3.0_windows，將下載下來的版本解壓到桌面 文件準備，擬南芥蛋白組數據，來自pfam數據庫的模型，模型是怎樣肯定的，請參考：http://132.232.42.33/?p=105

將蛋白文件，模型文件放到解壓的hmmer文件中

圖 1

修改模型文件f—>b：

圖 2

win+R-->cmd>cd desktop-->cd hmmer3.0_windows

若是你有Git的話，能夠直接在該文件夾右鍵打開，也是同樣的：

圖 3

創建模型：

hmmbuild new.hmm *.aln

模型搜索並保存爲wrky.txt文件：

圖 4

打開wrky.txt文件結果以下：

圖 5

如上圖就見wrky基因鑑定出來了，若是還要進行下一步分析鑑定。包括多個轉錄本的狀況，任然須要進行手動鑑定。以防出現假。之後得分享我基本上都會把入手的數據所有上傳。

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原文出處：https://www.cnblogs.com/smyang/p/12063907.html