2020年6月4日，來自中山大學腫瘤防治中心華南腫瘤國家重點實驗室的劉澤先副研究員和中山大學附屬第一醫院精準醫學研究所的李曉星副研究員及相關團隊在生物信息學領域著名期刊Briefings in Bioinformatics（IF=9.1）發表了名爲gutMEGA: a database of the human gut metagenome atlas的論文，報道了其新開發的gutMEGA數據庫，旨在對已發表的人類腸道微生物宏基因組數據集進行整理，從而爲研究人員提供腸道微生物在不一樣條件下的丰度變化的直觀數據。數據庫
圖1. 數據檢索界面
微信
該數據庫能爲咱們提供哪些幫助呢？首先，咱們能夠經過http://gutmega.omicsbio.info訪問gutMEGA，經過首頁的簡介咱們瞭解到，gutMEGA共收集了776個不一樣條件下的58,132個定量事件，涉及到7個不一樣分類水平（kingdom, phylum, class, order, family, genus, species）的6,457個分類單元（taxa）。在首頁的快速搜索欄，用戶能夠輸入感興趣的分類單元或者實驗條件來進行檢索。dom
圖2. 檢索結果界面spa
咱們以克羅恩病（Crohn's disease），一種與腸道微生物的失調密切相關的疾病爲例，咱們選擇搜索條件爲condition，並輸入Crohn's disease進行檢索，共查詢到4,514條與克羅恩病相關的記錄，結果默認以p值排序，用戶也能夠從新按taxon，condition或者log2ratio進行排序。用戶能夠經過condition或者log2ratio對結果進行進一步篩選，或者直接輸入關鍵詞搜索表格。
.net
圖3. 研究分佈展現設計
點擊Detail按鈕，能夠看到做者收集的一些實驗相關的信息，包括數據來源文章的PMID，實驗進行的地點，樣本的類型，測序的手段，測序的平臺，參與人員的數目，生物學重複的數目等等，同時還提供了做者收集的原始數據，對於16s測序的數據，還展現了擴增的區域和所用的引物信息。經過這些信息，用戶能夠對相應實驗有一個很好的瞭解。orm
圖4. 檢索高級選項blog
用戶還能夠在search界面進行多條件搜索以獲取更加精確地結果。排序
圖5. 檢索高級選項(二)事件
在browse頁面，做者對gutMEGA中收集到的taxa，conditions和samples進行了整理，用戶能夠瀏覽並選擇感興趣的內容查看結果。
圖6. 多維度數據檢索展現
那麼，如何使用gutMEGA來更好地爲咱們的實驗研究進行服務呢？以結直腸癌（Colorectal cancer）和消化鏈球菌屬（Peptostreptococcus）爲例，已經有較多研究代表腸道微生物的失調與結直腸癌發生發展相關，而咱們想知道消化鏈球菌屬在結直腸癌病人和正常人中是否存在差別，從而爲咱們後續的實驗設計提供必定的參考，所以咱們在search頁面以Colorectal cancer爲condition的關鍵詞，以Peptostreptococcus爲taxon的關鍵詞進行搜索，共獲得7條相應的搜索結果，其中有4條顯示結直腸癌病人中的消化鏈球菌屬要顯著高於正常人。這個結果在Long等人發表在Nature Microbiology上的Peptostreptococcus Anaerobius Promotes Colorectal Carcinogenesis and Modulates Tumour Immunity一文中獲得了驗證，他們發現厭氧消化鏈球菌在結直腸癌變中發揮做用，調節腫瘤免疫。
綜上，gutMEGA做爲一個全面的腸道微生物宏基因組數據庫，可以在實驗設計階段爲研究人員提供參考，同時，也能爲須要驗證本身實驗結果的研究人員提供依據。歡迎你們使用和幫助改進。
參考文獻：
Zhang Q, Yu K, Li S, et al. gutMEGA: a database of the human gut MEtaGenome Atlas[J]. Briefings in Bioinformatics, 2020.
Long X, Wong C C, Tong L, et al. Peptostreptococcus anaerobius promotes colorectal carcinogenesis and modulates tumour immunity[J]. Nature microbiology, 2019, 4(12): 2319-2330.
做者/張青峯 審覈/劉澤先 編輯/Zinky
本文分享自微信公衆號 - 醫學數據庫百科（yxkygjx）。
若有侵權，請聯繫 support@oschina.cn 刪除。
本文參與「OSC源創計劃」，歡迎正在閱讀的你也加入，一塊兒分享。