How to alignment by MAFFT

MAFFT比對快速且準確，經常使用作序列之間比對。

MAFFT官方下載地址

https://mafft.cbrc.jp/alignment/software/

下載適合本身電腦的MAFFT版本，打開mafft.bat，操做界面以下：

 

將須要比對的FASTA格式的文件（以filename.fas爲例）放入MAFFT根目錄文件夾（個人是mafft-win）中，在@後輸入文件名filename.fas，以下：

 

回車，輸入 輸出的文件名（這裏命名爲filename1.fas），以下：

 

回車，輸入4（設置輸出文件格式爲Fasta format），以下：

 

回車，輸入1（通常設置alignment策略爲自動），以下：

 

回車。接着設置附加參數，可是通常不設置附加參數，可直接再回車，以下：

 

 

 

輸入Y後，回車，開始比對。中途若中止，按住Enter鍵，直至比對完。比對完的文件也保存於根目錄中。