氨基酸保守性的着色

網上有vmd進行原子數值着色方法的教程，格式要求較爲嚴格，譬如，原子序號與數值所有對應，數值只能是一列數據。其實，能夠沒必要要求這麼嚴格的格式，只要有原子與數值對應關係便可。這裏採用數值替換氨基酸的B-factor數據的例子，而後在chimera中採用render by attribute顯示。
該例子中氨基酸的數值是用生物信息學方法計算獲得的保守打分，採用的是SCA5（statistics coupling analysis）算法獲得。計算結果由Matlab導出，最終轉到文本可編輯的數據，數據格式是
序列號 TAB 數值
例如：
1  0.58
2  0.34
...
採用bash腳本處理
[code=Bash width=600px]
#!/bin/bash
#usage: chBfactor.sh cons_score.file pdb.file > new_pdb.file

#reading conservation from file
declare -a cons_score_data
while read residue cons_score; do
   cons_score_data[$residue]=$cons_score
done < $1

#reading pdb file
cat $2 | grep '^ATOM' > tmp.pdb
while read LINE; do
   res_number=${LINE:22:4}
   echo "${LINE:0:60}" ${cons_score_data[`echo $res_number`]}"${LINE:67:13}"
done < tmp.pdb

rm tmp.pdb
[/code]

pymol中也是能夠替換b factor來數值着色，但是一樣在pymol中替換b factor也須要通過處理。該腳本簡單易用，輸出的new_pdb.file能夠在pymol, chimera, vmd等各個軟件中從新着色。

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