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Metagenome Assembly - Part1:基於德布萊英圖(De Bruijn graph)的宏基因組de novo拼接
時間 2021-04-21
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最近在做一批宏基因組數據的拼接工作,這裏的拼接主要指從Read到Contig這個水平。然後因爲是第一次做,有很多沒懂的地方,在學習和實踐的過程中,總結了一下。寫成幾篇博客記錄一下,以後又不清楚了可以回來看一下。這篇博客主要記錄一下宏基因組拼接的算法之一——基於德布萊英圖(De Bruijn graph)的方法。 一、爲什麼使用德布萊英圖? 對於短序列read的拼接有兩種基本算法,一種是基於Over
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