EIGENSTRAT計算PCA的顯著性

以前我寫過一篇文章羣體遺傳分析分層校訂，該選用多少個PCA?，裏面提到能夠經過EIGENSTRAT軟件肯定顯著的主成分，後續就能夠將顯著的主成分加入協變量中。

這篇文章主要是講如何經過EIGENSTRAT軟件肯定顯著的主成分。

1下載安裝EIGENSTRAT

1.1 下載

下載地址：https://data.broadinstitute.org/alkesgroup/EIGENSOFT/EIG-6.1.4.tar.gz

wget https://data.broadinstitute.org/alkesgroup/EIGENSOFT/EIG-6.1.4.tar.gz

1.2 安裝

tar zxvf EIG-6.1.4.tar.gz

2 PCA計算

能夠用plink計算PCA，也能夠用EIGENSTRAT。

PLINK計算PCA比較簡便，我的比較推薦PLINK。

以前已經介紹過怎麼用PLINK計算PCA了，這裏就再也不贅述。

3 肯定顯著PCA數量

下面講一下怎麼用EIGENSTRAT肯定多少個PCA被歸入協變量中。

3.1 若是是用EIGENSTRAT計算獲得的PCA

用EIGENSTRAT計算獲得後綴爲.eval的文件後，使用以下命令：

/bin/twstats -t twtable -i pca.eval -o eigenvaltw.out

3.2 若是是用PLINK計算獲得的PCA

用PLINK計算的PCA獲得後綴爲.eigenval的文件後，使用以下命令：

/bin/twstats -t twtable -i pca.eigenval -o eigenvaltw.out

3.3 結果解讀

假定生成的eigenvaltw.out以下：

這張圖裏前三個PCA的P值小於0.05，說明作關聯分析的時候要把前三個PCA加入協變量中。