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從宏基因組序列中提取16S序列
時間 2020-02-12
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基因組
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16s
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實際構建系統發育樹中,因爲全基因組太大,咱們無法對其全部基因進行對齊以及系統發育樹的構建,這時候咱們能夠提取基因組中的一些分子標記基因及保守基因進行系統發育樹的構建。 咱們用REAGO對shutgun 測序數據中的進行16S序列進行抽提,好比作完質控後的雙端fasta序列,那麼咱們就能夠把其對應的16S序列從宏基因組數據中提取出來用於物種鑑定以及系統發育樹的構建。python 優勢:從宏基因組
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