玩轉基因組瀏覽器之查看CNV分析結果

歡迎關注」生信修煉手冊」! 在TCGA項目中，使用Affymetrix SNP 6.0芯片來分析CNV, 首先使用DNACopy這個R包來計算拷貝數，然後用GISTIC2根據CNV來評估基因的變化情況，識別loss還是gain, 流程示意如下 對於CNV分析的結果，提出了SEG這種存儲格式，內容示意如下 第一列爲樣本ID, 第二列到第四列爲segmentation分析後劃分好的拷貝數相同的基因組區

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