GATK 模塊 CombineVariants 合併多樣本 VCF 時 AD 字段缺失問題

tags： gatk bugget 問題發現 我用 GATK 模塊 CombineVariants 合併了 12 個樣本的 VCF 文件，以後發現部分位點 FORMAT 字段缺乏了 AD 信息。仔細看了一下，這樣的位點都是有多個 ALT 的位點。it 正常狀況下 FORMAT 字段：io GT:AD:DP:GQ:PLclass 缺失 AD 的 FORMAT 字段：date GT:DP:GQbug

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