統計Binmap中某一親本基因型所佔總比例

在構建完binmap之後,往往需要統計各親本佔羣體的基因型比例。比如玉米中的B73-teosinte羣體,我們假設B73的基因型爲A,teosinte的基因型爲B,如果我們需要統計在整個羣體中teosinte所佔的基因型比例,這時候我們需要先將羣體中所有B基因型的bin的區間都提取出來,生成一個bed文件,如下圖,該bed文件共有三列,第一列爲染色體名稱,第二列爲其中一個基因型爲B的bin的起始物
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