dbvar:染色體結構變異數據庫

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染色體結構變異structural variation(SV), 被定義爲1kb以上範圍的DNA結構變化,一般包括缺失,重複,倒位,易位,固然也包含拷貝數變異(CNV), 染色體的結構變異來源於內因或者外因的做用,不少疾病就是因爲染色體結構變異致使的,環境因素也能夠誘導產生結構變異。api

CMT是一種神經系統疾病,影響大腦和脊髓外的外周神經系統,主要表現爲腿部肌肉萎縮,行走困難,可能出現足弓變高,足部畸形等症狀,科學研究發現,該疾病與17號染色體上一段結構變異相關,示意以下瀏覽器

兩個同源染色體的不平等交叉產生了兩種基因型,基因型A包含了PMP22基因的3個拷貝,而基因型B包含了PM22基因的單拷貝,基因型A的個體就會發生CMT, 基因型B的個體則易感壓力性麻痹HNPP。微信

dbvar數據庫收錄了來自多個研究項目的結構變異結構,網址以下app

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbvar/spa

在該數據庫中,數據分爲如下3個層級.net

  1. study,用std表示, 表明一個研究項目,該項目包含了一組結構變異分析結果,每一個study有一個惟一的編號,若是來自NCBI,則以nstd開頭,若是來自EBI,則以estd開頭orm

  2. variant regions, 用sv表示,表明存在結構變異的基因組區域,一樣有一個惟一的編號,若是來自NCBI,則以nsv開頭,若是來自EBI,則以esv開頭blog

  3. variant calls, 用ssv表示,表明一個具體的結構變異事件,包含了缺失,重複,CNV等多種類型,一樣有一個惟一的編號,若是來自NCBI,則以nssv開頭,若是來自EBI,則以essv開頭事件


variant region與variant call的對應關係以下,一段染色體區域能夠存在多個結構變異事件

經過Study Browser菜單,能夠以study爲單位查看相關的結構變異信息,示意以下

經過Genomes Browser菜單,能夠在基因組瀏覽器中查看相關的結構變異信息,示意以下

該數據庫是能夠免費下載的,ftp地址以下

ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/dbVar/data/Homo_sapiens/by_study

提供了VCF, CSV, TSV等多種格式,dbvar與來自EBI的DGVa是互做關係,共同提供了包含健康人類與患病人類的結構變異信息,而DGV數據庫則只包含了健康人羣的染色體結構變異信息。

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