求Read Depth

如何劃窗統計測序數據的reads數（depth）：https://blog.csdn.net/shenshenwu666/article/details/80936374

方法1，用samtools depth。可是這個方法僅僅侷限於對單個位點進行depth進行統計

samtools depth -b bed_file sample.bam > sample.depth

       bed 用來指定統計區間，運行後輸出指定區間每個鹼基的測序深度（因爲涉及全部鹼基，所以文件很大）

方法2，用samtools bedcov方法。

samtools bedcov bed_file samplename.bam > sample.bedcov

輸出的文件中計算了bed文件每個區間的鹼基總數，這裏並非reads的條數

方法3，bedtools軟件。。須要使用滑動窗口來對區間進行統計，這樣能夠觀察在整條染色體上測序深度的變化趨勢：

1）. bedtools makewindows -g genome.txt -w 10000000 -s 1000000 > windows.bed

    #bedtools makewindows用來自動生成劃窗區間。-g genome.txt是要劃分的基因組，格式爲兩列：染色體、染色體長度；-w 10000000爲窗口大小爲10M；-s 1000000爲步長爲1M，即窗口在染色體上每次向右平移1M的距離；windows.bed爲輸出文件，格式爲三列：染色體、區間開始位點、區間結束位點。

2）. bedtools coverage -a windows.bed -b xxx.sort.bam > xxx.depth.txt

    #bedtools coverage對劃分好的每一個滑動窗口進行reads數（depth)的統計。-a windows爲上一步劃分好的區間；-b xxx.sort.bam爲測序數據mapping到參考基因組的比對文件；xxx.depth.txt爲統計結果的輸出文件，格式爲7列：染色體、區間起始位點、區間結束位點、該區間內的reads數、該區間內的鹼基數、區間大小、該區間的平均覆蓋度。

    #關於xxx.sort.bam文件的幾點說明：

    1. 通常將測序數據mapping到參考基因組以後的輸出文件爲sam文件格式，須要先用samtools view -bS xxx.sam > xxx.bam轉換爲bam格式

    2.xxx.bam還須要進行排序和創建索引才能用於後續的統計：

    samtools sort xxx.bam xxx.sort   ##輸出結果爲xxx.sort.bam

    samtools index xxx.sort.bam      ##輸出結果爲xxx.sort.bam.bai
---------------------
做者：wu伸伸
來源：CSDN
原文：https://blog.csdn.net/shenshenwu666/article/details/80936374

 方法4，https://www.jianshu.com/p/82ed6e27f571

方法5， GATK軟件

java -Xmx30g -XX:ParallelGCThreads=6 -jar /opt/GenomeAnalysisTK.jar -T DepthOfCoverage -R /path/genome.fna -I /path/sample.bam -o /path/sample.DepthOfCoverage -nt 10 -ct 5 -ct 1 -ct 10 -ct 30 -ct 50 --omitDepthOutputAtEachBase --omitIntervalStatistics --omitLocusTable

使用DepthOfCoverage模塊統計測序深度和覆蓋度。與samtools depth 同樣，統計每一個鹼基的測序深度。 -ct指定統計測序深度的閾值，如 -ct 1 統計測序深度爲1 的鹼基佔比。

https://mp.weixin.qq.com/s/7KiXyvKgQ35wHfEiDLvLyQ

GCdepth散點圖繪製：

https://blog.csdn.net/huangliangbo0805/article/details/51165943?utm_source=blogxgwz2

 

滑窗口統計基因組GC含量的分佈：

https://blog.csdn.net/hugolee123/article/details/38441927?utm_source=blogxgwz1