Perl學習建議（轉）

首先要理解perl裏面的三種變量表示方式:

$ 表示單個變量  用單雙引號區別，q(),qq()

@ 表示多個變量組成的數組，qw()

% 表示關係型變量-hash

變量不嚴格區分類型，沒有int/float/double/char這樣的概念

 

以及對這些簡單變量的操做函數

# Numerical operators:  <,  >, <=, >=, ==, !=, <=>, +, *

# String operators:    lt, gt, le, ge, eq, ne, cmp, ., x

數組操做(pop/push/shift/unshift/splice/map/grep/join/split/sort/reverse)

hash操做方式(keys,values,each,delete,exists)

 

變量內容交換，字符型轉爲數值型，字符串轉爲字符數組，字符串變量，heredoc，字符串分割，字符串截取，

隨機數生成，取整，各類機率分佈數，多維矩陣如何操做，進制轉換

hash翻轉，數組轉hash

 

 

上下文環境

這個比較複雜：  http://www.perlmonks.org/?node_id=738558

就是須要理解你寫的程序是如何判斷你的變量的，你覺得的不必定是你覺得的

 

正則表達式

這也是一個很是重要的一塊內容，基礎用法就是m和s，一個匹配，一個替換，比較有趣的就是$1,$2等等捕獲變量。

 

(=~ s{^https?://}{}   =~ m{///})

 

內建變量

就是perl語言設計的時候定義了一大堆的全局變量($_  $, $0 $> $< $! $. @ARGV @F @_ @INC %ENV %SIG

外表上看起來都是一個$/@/%符號後面加上一大堆的奇奇怪怪的字符，表示一些特殊變量，這也是perl語言飽受詬病的緣由。

可是有些很是重要，懂了它以後寫程序會方便

下載一個表格，裏面有近100個預約義變量須要學習的

 

控制語句(循環/條件/判斷)

if ... elsif ... else ...

unless/while/next/last/for/foreach

 

讀寫文件，腳本實戰！

while(<>){

#do something !

}

這是我最喜歡的一個程序模板，讀取文件，根據須要處理文件，而後輸出。

須要實現很是多的功能，而後就能夠本身總結腳本技巧，也能徹底掌握perl的各類語法。

在生物信息學領域，須要實現的功能有！

 

perl 單行命令

我我的特別喜歡這個知識點，我也專門下載過一本書來學習，把這個教程看完就基本上能全明白： http://www.catonmat.net/blog/perl-one-liners-explained-part-one/

學習單行命令的前提是掌握很是多的奇奇怪怪的perl自定義變量，和perl的基礎語法，用熟練了以後就很是方便，不少生物信息學數據處理過程我如今基本不寫腳本，都是直接寫一行命令，徹底代替了shell腳本里面的awk、sed/grep系列命令。

(-p -a -n -a -l -i -F -M)

 

 

預約義函數

perl 是一個很是精簡的語言，自定義的函數很是少，連min max這樣常見的函數都沒有，若是你須要使用這樣的功能，要麼本身寫一個函數，要麼使用增強版的包，perl的包很是多。

下面列出一些，我經常使用的包

程序必備 use/die/warn/print/open/close/<>/

數學函數sin/cos/log/abs/rand/srand/sqrt

字符串函數 uc/lc/scaler/index/rindex/length/pos/substr/sprintf/chop/chomp/hex/int/oct/ord/chr/unpack/unencode

defined/undef

 

系統操做相關

perl語言是跨平臺的，由於它的執行靠的是perl解釋器，而perl的解釋器能夠安裝在任何機器上面。因此能夠用perl來代替不少系統管理工做。

系統命令調用

文件句柄操做(STDIN,STDOUT,STDERR,ARGV,DATA,)

系統文件管理(mkdir/chdir/opendir/closedir/readdir/telldir/rmdir/)

 

一些高級技巧

自定義函數 sub , 參數傳遞，數組傳遞，返回值

模塊操做(模塊安裝，加載，模塊路徑，模塊函數引用)

引用（變量的變量）

 

選擇一個好的編輯器-編譯器,editplus,notepad++,jEdit，編程習慣的養成。

搞清楚perl版本的問題，還有程序編碼的問題，中文顯示的問題

程序調試

 

perl常見模塊學習

perl和LWP/HTML作網絡爬蟲必備，重點是DOM如何解析

perl和CGI編程，作網站的神器，重點是html基礎知識

DBI相關數據庫，用perl來操做mysql等，固然，重點是mysql知識

GD and GD::Graph 能夠用來畫圖，可是基本上沒有人用了，除了CIRCOS畫圈圈圖火起來了。

TK模塊，能夠編寫GUI界面程序，可是也幾乎沒有人用了。

XML/pdf/excel/Json 相關的模塊能夠用來讀取非文本格式數據，或者輸出格式化報告。

socket通訊相關，高手甚至能夠寫出一個QQ的模仿版本

最後不得不提的就是Bioperl了，雖然我歷來沒有用過，可是它的確對初學者很是有用，大多數人不提倡重複造輪子，但我我的以爲，對初學者來講，重複造輪子是一個很是好的學習方式。你們能夠仿造bioperl裏面的各個功能，用本身的腳原本實現！

 

若是你感受學的差很少了，就能夠下載一些複習資料，查漏補缺:

http://michaelgoerz.net/refcards/perl_refcard.pdf

https://rc.hms.harvard.edu/training/perl/Perl%20Cheat%20Sheet.pdf

https://www.cheatography.com/mishin/cheat-sheets/perl-reference-card/

http://www.catonmat.net/download/perl.predefined.variables.pdf

http://www.erudil.com/preqr.pdf

https://www.cs.tut.fi/~jkorpela/perl/regexp.html

https://support.sas.com/rnd/base/datastep/perl_regexp/regexp-tip-sheet.pdf