生信學習--生物數據庫大全

本文轉自https://blog.csdn.net/g863402758/article/details/52957299

綜合數據庫

★ INSD,國際核酸序列數據庫（International Nucleotide Sequence Databank）。由日本的DDBJ、歐洲的EMBL和美國的GenBank三家各自創建和共同維護。

★ EMBL庫，歐洲分子生物學實驗室的DNA和RNA 序列庫。 http://www.ebi.ac.uk/embl.html

★ GenBank ，美國國家生物技術信息中心 （NCBI）所維護的供公衆自由讀取的、帶註釋的DNA序列的總數據庫。http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Web/Genbank/

★ DNA Databank of Japan (DDBJ) ，日本核酸數據庫。 http://www.ddbj.nig.ac.jp/

★ GSDB是由美國國家基因組資源中心（NCGR）維護的DNA序列關係數據庫（Genome Sequence DataBase）。 http://www.ncgr.org/gsdb/

★ TIGR DATAbase,是世界上最大的cDNA數據庫，還有大量的EST序列和人類基因索引（HGI）。 http://www.tigr.org/tdb/hcd/overview.html

DNA序列數據庫

包括與DNA的複製、轉錄、修復等有密切關係的蛋白質因子。
★BioSino是中國自主開發的核酸序列公共數據庫。
http://www.biosino.org/
★CUTG,MM子使用頻度表。
http://www.dna.affrc.go.jp/~nakamura/CUTG.html
http://www.kazusa.or.jp/codon/
http://www.dna.affrc.go.jp/~nakamura/CUTG.html
★EPD,真核生物啓動子數據庫（Eukaryotic Promotor Database）。
http://www.epd.isb-sib.ch/
★TRANSFAC,真核生物基因表達調控因子的數據庫。
http://transfac.gbf.de/TRANSFAC
★ TRRD.真核生物基因組轉錄調控區數據庫。
http://www.mgs.bionet.nsc.ru/mgs/dbases/trrd4/
★OOTFD,轉錄因子和基因表達數據庫。
http://www.ifti.org/
★RepBase,真核生物DNA中重複序列數據庫。
http://www.girinst.org/~server/repbase.html
★ MicroSatellite,微衛星重複序列數據庫。
http://nmnhgoph.si.edu/gopher-menus/MicroSatelliteDatabase.html
★ALU數據庫是人及其餘靈長類表明性的Alu重複片斷。
http://ncbi.nlm.nih.gov(/pub/jmc/alu/)
★ Simple Repeats,簡單重複序列庫。
http://ncbi.nlm.nih.gov
★COMPEL,複合元件數據庫。
ftp://ftp.gbf-braunschweig.de(/pub/compel/)
★MPDB,分子探針數據庫。
http://www.biotech.ist.unige.it/interlab/mpdb.html
★HvrBase,靈長類mtDNA調控區序列庫，主要是人的HVI和HVII兩個高變異區的序列。
http://monolith.eva.mpg.de/hvrbase/
★PlantCARE,植物順式做用(cis-acting)調控因子數據庫。
http://sphinx.rug.ac.be:8080/PlantCare/
★PLACE是從文獻中搜集的植物順式做用調控元件DNA模體的數據庫,只涉及維管植物。
http://www.dna.affrc.go.jp/htdocs/PLACE/
ftp://ftp.dna.affrc.go.jp(/pub/dna_place/place.seq)
★Mendel數據庫,蒐集植物STS和EST序列。
http://jiio6.jic.bbsrc.ac.uk/
★HOX Pro同源異型盒(homeobox)基因數據庫。
http://spirov.iephb.nw.ru/hox_pro/hox-pro00.html
★OPD,寡核苷酸探針數據庫(Oligonucleotide Probe Database)。
http://www.cme.msu.edu/OPD/
★dbSTS,序列標記位點(Sequence Tagged Sites)數據庫。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbSTS/
ftp://ncbi.nlm.nih.gov(/repository/dbSTS)
★dbEST.這是GenBank的重要組成部分,它包含若干物種的已表達的序列標記信息.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST/
ftp://ncbi.nlm.nih.gov(/repository/dbEST)
★AmmtDB,後生動物線粒體DNA多序列聯配數據庫,蒐集了脊椎動物線粒體中編碼蛋白質和tRNA的多DNA序列對比數據,以及哺乳動物mtDNA主調控區序列聯配數據.
www.ba.cnr.it:8000/BioWWW/#AMMTDB" target="_blank">www.ba.cnr.it:8000/BioWWW/#AMMTDB>http://bio-www.ba.cnr.it:8000/BioWWW/#AMMTDB
★HOVERGEN,脊椎動物同源基因數據庫(HOmologous VERtebrate GENes)。
http://acnuc.univ-lyon1.fr/
ftp://ftp.infobiogen.fr(/pub/db/acnuc/hovergen)
★ DNA結構參數庫.
ftp://transfac.gbf.de(/pub/structure_library)
★ NUCLEOSOME數據庫,收集實驗測定的核小體數據,用於預測DNA中與組蛋白八聚體結合的位點.
ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/nucleosomal_dna/
★ SELEX_DB,隨機化序列庫.
http://www.mgs.bionet.nsu.ru/mgs/systems/selex/
★ ASDB,交替剪接基因的數據庫.
http://hattrick.lbl.gov:8888/
★Intronerator,秀麗線蟲內含子和交替剪接數據庫。
http://www.cse.ucse.edu/~kent/intronerator/
★IDB和IEDB前者是內含子序列數據庫，後者是內含子演化數據庫。
http://numeg.bio.indiana.edu/intron/index.html
★EID,外顯子、內含子數據庫。
http://mcb.havard.edu/gilbert/EID/
★ExInt,外顯子、內含子數據庫。
http://intron.bic.nus.edu.sg/rint/exint.html
★NDB,核酸晶體結構數據庫。
ftp://ndbserver.rutgers.edu/
http://dnbserver.rutgers.edu/NDB/ndb.html
★VectorDB,載體數據庫。
http://vectordb.atcg.com/
★Vector和Vector-ig,包分子生物學經常使用的許多載體的註釋和序列信息。
ftp://ncbi.nlm.nig.gov(/repository/vetcor-ig)
ftp://ncbi.nlm.nig.gov(/repository/vector)

RNA序列和核糖體數據庫:

★1993年成立的RNA學會，在出版RNA刊物同時，還維護着兩個信息網頁：
http://www.pitt.edu/~rna1/
http://www.cup.org/Journals/JNLSCAT/rRNA/rna.html
★snoRNA,小核仁RNA數據庫。
http://www.bio.umass.edu/biochem ... noRNA-DataBase.html
★Small RNA數據庫。
http://mbcr.bcm.tmc.edu/smallRNA/smallrna.html
★RNAse P數據庫，包含RNA水解酶P的RNA亞基序列、聯配、二級結構和三維模型
。http://jwbrown.mbio.ncsu.edu/RNAseP/home.html
★tmRNA網點。包含 tmRNA序列、公認蛋白質水解標記、序列聯配、肯定新tmRNA的導引，以及簡要綜述等。
http://www.indiana.edu/~tmrna/
★tmRDB.已經聯配好的、加有註釋的、按親緣關係排列的tmRNA序列數據。
http://psyche.uthct.edu/dbs/tmRDB/tmRDB.html
★gRNA,導引RNA數據庫。
http://www.biochem.mpg.de/~goeringe/
★SRPDB,信號識別粒子數據庫。
http://psyche.uthct.edu/dbs/SRPDB/SRPDB.html
★TransTerm,信使RNA的組分和翻譯控制信號數據庫。
http://biochem.otago.ac.nz/Transterm/
l 類病毒和類病毒樣RNA數據庫。
http://www.callisto.si.usherb.ca/~jpperra/
★UTRdb和UTRsite。UTRdb是真核生物mRNA的5’端和3’端非翻譯區序列的非冗餘數據庫，UTRsite蒐集這些非翻譯區序列中的功能片斷。
http://bigarea.area.ba.cnr.it:8000/EmbIT/UTRHome/
★ncRNA,似mRNA的非編碼RNA數據庫。
http://www.man.poznan.pl/5Sdata/ncRNA/index.html
★RNAmods,RNA修飾數據庫。
http://www-medlib.med.utah.edu/RNAmods/RNAmods.html
ftp://medlib.med.utah.edu(/library/RNAmods)
★AARSDB,酰氨基tRNA合成酶數據庫。
http://rose.man.poznan.pl/aars/index.html
★tRNA序列和基因、結構與功能數據庫。
http://www.uni-bayreuth.de/departments/biochemie/trna/
★PLMItRNA基於FastA的綠色植物線粒體tRNA分子和tRNA基因的數據庫。
www.ba.cnr.it:8000/srs6/" target="_blank">www.ba.cnr.it:8000/srs6/>http://bio-www.ba.cnr.it:8000/srs6/
http://www.ebi.ac.uk/services/
★16SMDB、16S-likeMDB 、16SMDBexp 、23SMDB、 23S-likeMDBexp數據庫，是一批16S和23S核糖體RNA突變數據庫。
http://www.fandm.edu/departments/biology/databasee/rna.html
ftp://acad.fandm.edu(/nar/)
★RNA www,RNA二級結構網頁，也有16S RNA和23S RNA的數據。
http://pundit.colorado.edu:8080/RNA/
★uRNADB,已經聯配好的、加有註釋的、按親緣關係排列的uRNA序列數據。
http://psyche.uthct.edu/dbs/uRNADB/uRNADB.html
★U-insertion/deletion,編輯序列數據庫，包含5個無脊椎動質體目物種的線粒體基因和編輯後的mRNA序列。
http://www.lifesci.ucla.edu/RNA/trypanosome/database.html
★PseudoBase,假扭結數據庫。
http://www.bio.leidenuniv.nl/~Batenburg/PKB.html
★RDP,核糖體數據庫計劃。包含小亞基和大亞基的兩部分rRNA,由已聯配的RNA序列以及親緣樹組成。
http://www.cme.smu.edu/RDP/
http://rdpwww.life.uiuc.edu/
http://rdp.life.uiuc.edu(/pub/)
★SSU rRNA歐洲核糖體小亞基RNA結構數據庫。
http://rrna.uia.ac.be/ssu/
★LSU rRNA歐洲核糖體大亞基RNA結構數據庫。
http://rrna.uia.ac.be/lsu/
★5S rRNA數據庫。
http://rose.man.poznan.pl/5Sdata/index.html
★DRC,核糖體交鏈數據庫。
http://www.mpimg-berlin-dahlem.mpg.de/~ag_ribo/ag_brimacombe/drc/
★ACTIVITY,DNA和RNA中功能位點數據庫。
http://www.mgs.bionet.nsu.ru/systems/Activity/
★RNA非正則配對數據庫。
http://prion.bchs.uh.edu/bp_type/

基因圖譜數據庫:

★Rhdb,輻射雜交數據庫。
http://www.ebi.ac.uk/RHdb
http://corbra.ebi.ac.uk/Rhdb/species/HUMAN/gm99.html
ftp://ftp.ebi.ac.uk(/pub/databases/RHdb)

★Mouse RH數據庫。
http://www-genome.wi.mit.edu/mouse_rh/

★GDB,人類基因組數據庫。
http://www.gdb.org/
ftp://ftp.gdb.org

★GeneMap’99,人類基因圖譜1999年版。
http://www.ncbi.nih.gov/genemap/

★HuGeMap,人類基因遺傳圖譜和物理圖譜的分佈式集成數據庫。
ftp://ftp.ebi.ac.uk(/pub/databases/RHdb/gm99.map)

人類基因組測序中心:

★HUGO是人類基因組組織的縮寫。
http://hugo.gdb.org/

★HUGO Pacific GENOME Newsletter 是HUGO在太平洋部分，其中反映中國狀況的短文在：
http://hugo-pacific.genome.ac.jp/3_2contents/china.html

★美國能源部支持的人類基因組計劃
http://www.er.doe.gov/production/ober/hug_top.html

★美國國家衛生署對人類基因組計劃的支持，經過NHGRI即國家人類基因組研究所（National Human Genome Research Institute）體現。
http://www.nhgri.nih.gov/

★英國Wellcome Trust是人類基因組計劃的另外一個主要資助者。
http://www.wellcome.ac.uk/

★百慕大原則：測序的中間和最終結果都必須迅速的公開。
http://www.gene.ucl.ac.uk/hugo/bermuda.html

★世界上主要人類基因組測序中心的名單。
http://www-hgc.lbl.gov/inf/Hgcenters.html

http://www.ornl.gov/hgmis/centers.html

★NCBI的GenBank數據庫從1999年10月起，創建了智人基因組子目錄，其下按染色體編號設子目錄。
http://ncbi.nlm.nih.gov/genbank/genomes/H_sapiens/

★英國的Sanger中心的人類基因組計劃網頁，不只有它們負責測序的染色體數據，還有到其餘染色體數據的連接。
http://www.sanger.ac.uk/HGP/
★日本的DDBJ和信息生物學中心（CIB）聯合創建了一個Human Genomics Studio，能夠按染色體編號檢索和查找基因序列。
http://studio.nig.ac.jp/

★ Sanger 中心是世界上最大的DAN測序中心之一。承擔人類基因組計劃的三分之一，集中在一、六、九、十、1三、20、22和X。
http://www.sanger.ac.uk/HGP/stats.html

★ LBNL，Lawrence Berkeley 國家實驗室。
http://www-hgc.lbl.gov/GenomeHome.html

★LLNL，Lawrence Livermore 國家實驗室。
http://www-bio.llnl.gov/bbrp/genome/genome.html

★LANL，美國洛斯阿拉莫斯國家實驗室。
http://www-ls.lanl.gov/index.html

★JGI，由美國能源部支持的，依託LBNL、LLNL和LANL三個國家實驗室的人類基因組研究部門建的聯合基因組研究所（Joint Genome Institute）。
http://jgi.doe.gov/

★UWGC，華盛頓大學基因中心，是國際上最活躍的測序中心之一。
http://www.genome.washington.edu/

ftp://ftp.genome.washington.edu/

★SHGC，斯坦福大學人類基因中心，主要作高分辨率輻射雜交圖譜，以及人類第四號染色體BAC克隆的測序。
http://www-shgc.stanford.edu/

★DOGS，基因組尺寸數據庫。
http://www.cbs.dtu.dk

★GenBank的/genomes/子目錄：
ftp://ftp.cbi.pku.edu.cn(/pub/databases/genband/genomes/)

★ EuGenes,真核生物基因綜合知識庫，目前包括果蠅、人、小鼠、擬南芥、線蟲、酵母、和斑馬魚的數據。
http://iubio.bio.indiana.edu/eugenes

原核生物基因組:

★細菌基因組計劃的進展狀況，可從如下網站查詢：
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/PMGifs/Genomes/bact.html

★MOT ，歐洲生物信息研究所EBI的基因組測序進展表。
http://www.ebi.ac.uk/~sterk/genome-MOT/

★GIB，日本DDBJ設立的Genome Information Broker for microbial genomes 的縮寫。
http://mol.genes.nig.ac.jp/gib/

★MAGPIE測序計劃清單也能夠參考。
http://www-fp.mcs.anl.gov/~gaasterland/genomes.html

★EMGLib,增補微生物基因組庫。
http://pbil.univ-lyon1.fr/emglib/emglib.html

★大腸桿菌K12菌株的徹底基因組序列，可由GenBank的子目錄/genomes/獲取，或從華盛頓大學大腸桿菌基因組中心，即Blattner實驗室的網頁讀取：
http://www.genetics.wisc.edu/pub/sequence/

★ECDC,大腸桿菌菌株K12的基因序列庫，包括基因、讀框、調控區、啓動子、終止子、tRNA和rRNA等。
http://susi.bio.uni-giessen.de/ecdc/ecdc.html

ftp://ftp.ebi.ac.uk)/pub/databases/ecdc)

★EcoGene和EcoWeb,大腸桿菌K12菌株基因組數據庫，包括基因、蛋白質、基因間蛋白質組信息。
http://bmb.med.miami.edu/EcoGene/EcoWeb/

★RegulonDB,大腸桿菌轉錄調控和操做子數據庫。
http://www.cifn.unam.mx/Computational_Biology/regulondb/

★NRSub,非冗餘枯草芽孢桿菌DNA數據庫，包括徹底基因組、MM子使用表、基因圖譜和基因家族。
http://acnuc.univ-lyon1.fr/nrsub/nrsub.html

ftp://ftplnig.ac.jp(/pub/db/nrsub)

★HIDB,流感嗜血菌徹底基因組的原始數據庫。
http://www.tigr.org:80/tdb/mdb/hidb/hidb.html

ftp://ftp.tigr.org/pub/data/h_influenzae

★HIDC,流感署血菌基因序列庫。
http://susi.bio.uni-giessen.de/ecdc/hidc.html

★CyanoBase,藍細菌數據庫，其實是集胞藍細菌的基因組數據庫。藍細菌具備氧化和光合做用所需的全套基因。
http://www.kazusa.or.jp/cyano/cyano.html

★MJDB,詹氏甲烷球菌基因組數據庫。
ftp://ftp.tigr.org(/pub/data/m_jannaschii)

http://www.tigr.org/tdb/mdb/mjdb/mjdb.html

★MycDB,分枝桿菌數據庫。
http://www.biochem.kth.se/MycDB.html

★PGI,疫黴屬基因預研究計劃的數據庫。
http://www.ncgr.org/pgi/

真菌基因組:

★SGS,釀酒酵母基因組數據庫。
www.standford.edu/Saccharomyces/" target="_blank">www.standford.edu/Saccharomyces/>http://genome-www.standford.edu/Saccharomyces/

ftp://genome-ftp.stanford.edu(/pub/yeast)

★LISTA,LISTA-HOP和LISTA-HON是釀酒酵母基因組中蛋白質編碼序列及其同源性的數據庫。
http://www.ch.embnet.org/

ftp://bioftp.unibas.ch

★MYGD,酵母基因組、蛋白質和同源關係的數據庫。
http://www.mips.biochem.mpg.de/proj/yeast/

★YIDB,酵母內含子數據庫。
http://www.EMBL-Heidelberg.DE/ExternalInfo/seraphin/yidb.html

★MNCDB,由德國MIPS所維護的粗糙鏈孢黴基因組數據庫。
http://www.mips.biochem.mpg.de/desc/neurospora/

★真菌基因組資源的網址：
http://fungus.genetics.uga.edu:5080/main.html

★FGSC,真菌遺傳學信息中心。
http://www.fgsc.net/

原生生物和線蟲基因組:

★歐洲生物信息研究所EBI的原生生物網頁：
http://www.ebi.ac.uk/Projects/Protozoa/

★ AceDB,線蟲綜合數據庫。
ftp://sanger.ac.uk(/pub/acedb)

ftp://ncbi.nlm.nih.gov(repository/acedb)

ftp://lirmm.lirmm.fr(/pub/acedb)

★關於線蟲發育特別是化學感受神經的研究。
http://devbio-mac1.ucsf.edu/

昆蟲基因組:

★斯坦福大學的果蠅基因組中心。
http://www.fruitfly.org/

★FlyBase,果蠅胚胎髮育過程當中基因相互做用的WWW數據庫。
http://www-biol.univ-mrs.fr/~lgpd/GIFTS_home_page.html

★哈佛大學的果蠅網頁。
http://morgan.harvard.edu/

★MsqDB,蚊子基因數據庫。
http://klab.agsci.colostate.edu/acedb/MsqDB-acedb.html

ftp://klab.agsci.colostate.edu

魚類數據庫:

★ 美國國家衛生署1997年創建的斑馬魚網頁。
http://www.nih.gov/science/models/zebrafish/

★ ZFIN,斑馬魚基因組、發育突變和野生種系數據庫。
http://zfish.uoregon.edu/ZFIN/

★ Fugu是河豚的數據庫。
http://fugu.hgmp.mrc.ac.uk/

★RainMap彩虹鱒魚基因圖譜數據庫。
http://locus.jouy.inra.fr/

★ 另外一個鱒魚科基因數據庫在美國華盛頓州立大學：
http://www.wsu.edu:8000/~thorglab/DATA.html

齧齒動物基因組(主要是有關家鼠的數據庫):
★ M.Musculus基因組庫。
ftp://ncbi.nlm.mih.gov(/genbank/genomes/M_muslulus)

★ MGD,家鼠基因組庫，如今又稱MGI即家鼠基因組信息庫。
http://www.informatics.jax.org/mgd.html

ftp://ftp.informatics.jax.org/

★ Cre轉基因家鼠系的數據庫。
http://www.chinainfo.gov.cn/periodical/yc/yc9903/990314html

★ RatMap,大鼠基因圖譜數據庫。
http://ratmap.gen.gu.se/

細胞器數據庫:

主要是線粒體和葉綠體基因的數據。
★ MitoNuc
http://megasun.bch.umontreal.ca/gobase/
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http://megasun.bch.umontreal.ca/gobase/
★ MitBASE,線粒體DNA數據庫，集成全部已知線粒體基因信息。
http://www3.ebi.ac.uk/Research/Mitbase/mitbase.pl/

★ 人類線粒體數據庫。
www.ba.cnr.it8000/Tutorials/MitBASE/" target="_blank">www.ba.cnr.it8000/Tutorials/MitBASE/>http://bio-www.ba.cnr.it8000/Tutorials/MitBASE/

★ MitBASE Pilot,酵母線粒體中核基因數據庫。
http://www3.ebi.ac.uk/Research/Mitbase/mitbase.pl/

★ 植物和藻類線粒體數據庫。
http://www3.biologie.uni-ulm.de/ ... e/plant_mt_gene.gif

http://tomic.ebi.ac.uk:8889/mitb ... .pla_show_qry_opts/

★ 原生生物線粒體數據庫。
www.ba.cnr.it:8000/Tutorials/MitBASE/protist_table.html" target="_blank">www.ba.cnr.it:8000/Tu>http://bio-www.ba.cnr.it:8000/Tu ... /protist_table.html

★ 脊椎動物線粒體數據庫。
www.ba.cnr.it:8000/Tutorials/MitBASE/vertebrate.html" target="_blank">www.ba.cnr.it:8000/Tutorials/MitBASE/vertebrate.html>http://bio-www.ba.cnr.it:8000/Tutorials/MitBASE/vertebrate.html

擬南芥基因組:

★ MATDB,國際擬南芥基因組計劃的數據彙總。
http://www.mips.biochem.mrg.de/desc/thal/

★ AtDB,擬南芥基因組數據庫。
www.stanford.edu/Arabidopsis/" target="_blank">www.stanford.edu/Arabidopsis/>http://genome-www.stanford.edu/Arabidopsis/

ftp://genome-ftp.stanford.edu(/pub/arabidopsis)

★ DatA,擬南芥基因組註釋庫。
http://luggagefast.Stanford.edu/group/arabprotein/

★ TAIR,擬南芥信息資源。
http://www.arabidopsis.org/

★ AGR,擬南芥基因組資源。
http://synteny.nott.ac.uk/agr/agr.html

★ TIGR-AT，TIGR研究所的似南芥EST和基因序列數據庫。
http://www.tigr.org/tdb/at/at.html

病毒數據庫:

★ICTVdB,病毒數據庫。
http://life.anu.edu.au/viruses/ICTVdB/ictvdb.html

★VIDEdB,病毒鑑定交換數據庫。
http://biology.anu.edu.au/research-groups/MES/vide/

★RDV,水稻矮縮病毒基因組數據庫。
http://www.cbi.pku.edu.cn/rdv/

蛋白質序列數據庫:

★SWISS-PROT是對數據人工審讀很嚴格的庫。
http://www.expasy.ch/sprot/

★TrEMBL是從EMBL庫中的核酸序列翻譯出來的氨基酸序列，已經完成了自動註釋。
http://www.ebi.ac.uk:5000

★PIR是蛋白質信息資源的縮寫。
http://www-nbrf.georgetown.edu/pir/

http://www.mips.biochem.mpg.de/proj/protseqdb/

★GenBank是由GenBank中的DNA序列翻譯獲得的蛋白質序列，與TrEMBL類似、但沒有像後者那樣經專家審讀。
http://www.infobiogen.fr/srs/

★PROSITE,由專家根據生物知識審編的SWISS-PROT蛋白質序列中有生物意義的位點、模式和輪廓的數據庫。
http://www.expasy.ch/prosite/

★PrositeScan服務器，根據用戶填表提交的蛋白質序列搜索PROSITE模式。
http://www.isrec.isb-sib.ch/software/PSTSCAN_form.html

★PSD,蛋白質序列數據庫，是PIR的主體。
http://pir.georgetown.edu/pirwww/dbinfo/texpsd.html

★PATCHX,PIR的子庫之一，收入還沒有歸入PIR庫的蛋白質序列。
http://pir.georgetown.edu/pirwww/dbinfo/patchx.html

★ARCHIVE,PIR的子庫之一，保存PIR庫中條目的原始文獻或最初提交的序列。
http://pir.georgetown.edu/pirwww/dbinfo/achive.html

★ProClass,蛋白質類數據庫，是根據PROSITE庫和PIR庫中超家族的關係組織起來的非冗餘蛋白質庫。
http://pir.georgetown.edu/gsfserver/prolclass.html

http://diana.uthct.edu/proclass.html

★PIR-ASDB,PIR的註釋和類似性數據庫。
http://www-nbrf.georgetown.edu/por/

★KIND,瑞典斯德哥爾摩生物信息中心維護的非冗餘蛋白質序列庫。
ftp://ftp.mbb.ki.se(/pub/KIND)

★ENZYME,基於命名系統的酶數據庫。
http://www.expasy.ch/enzyme/

★BRENDA,這是一個內容普遍的酶的信息庫。
http://www.brenda.uni-koeln.de/

★OWL,蛋白質序列庫，是由SWISS-PROT，PIR，GenBank翻譯序列和PDB等數據庫產生的非冗餘的蛋白質序列庫。
http://bmbsgi11.leeds.ac.uk/bmb5dp/owl.html

★GeneCards,由以色列魏茨曼科學研究所維護的關於基因及其產物，以及它們的生物醫學應用的文獻庫。
http://bioinfo.weizmann.ac.il/cards

★SWISS-2DPAGE,由二維聚丙烯酰胺凝膠電泳所肯定的蛋白質的參考圖譜數據庫，包括文本和圖象信息，通向其餘2D-PAGE數據庫的連接等。
http://www.expasy.ch/ch2d/

★HDB,組蛋白數據庫，包括聯配好的組蛋白序列以及已確認包含有組蛋白摺疊模體的非蛋白序列，以及全部已知組蛋白和組蛋白質摺疊的結構，同時指出不一樣數據庫中相似序列的差別。
http://genome.nhgri.nih.gov/histones/

★HOBACGEN數據庫，包含按家族組織的全部細菌的蛋白質序列，有助於從各類細菌選取同源家族，做多序列聯配和構建親緣樹。
http://pbil.univ-lyon1.fr/databases/hobacgen.html

★MITOP,線粒體蛋白質組數據庫，包括線粒體有關的基因、蛋白質和疾病信息。
http://www3.ebi.ac.uk/Research/Mitbase/mitbase.pl/

★MITOMAP,人類線粒體基因組數據庫。
http://www.gen.emory.edu/mitomap.html

★REBASE,限制性內切酶和甲基化酶數據庫。
http://www.neb.com/rebase

★ProtoMap,蛋白質分類數據庫。
http://www.protomap.cs.huji.ac.il/

★ISSD蛋白質序列數據庫。
http://www.protein.bio.msu.su/issd/

★PRF,日本蛋白質研究基金會維護着三個蛋白質和多肽數據庫：PRF/LITDB文獻庫、PRF/SEQDB序列庫及PRF/SYNDB合成產物庫。
http://prfsun2.prf.or.jp/

★MEROPS,肽酶數據庫。
http://www.bi.bbsrc.ac.uk/Merops/Merops.html

★PKR,蛋白激酶信息庫。
http://www.sdsc.edu/Kinases/pkr/pkk_catalytic/pk_cat_list.html

★Wnt基因網頁。
http://vonbaer.ana.ed.ac.uk/rnusse/wntwindow.html

★PhosphoBase,磷酸化位點數據庫。
http://www.cbs.dtu.dk/databases/PhosphoBase/

★SYSTERS,蛋白質集團數據庫。
http://www.dkfz-heidelberg.de/tbi/services/cluster/

★DIP蛋白質相互做用數據庫
http://URLdip.doe-mbi.ucla.edu/

★DexH/D數據庫。
http://www.columbia.edu/~ej67/dbhome.htm

★ Homeodomain,同源異形結構域數據庫。
http://genome.nhgri.gov/homeodomain/

★InBase,新英格蘭生物實驗公司的蛋白質剪接數據庫。
http://www.neb.com/neb/inteins.html

★LGICdb,配體門控離子通道數據庫。
http://www.pasteur.fr/recherche/banques/LGIC/LGIC.html

★SENTRA,信號傳遞蛋白質數據庫。
http://wit.mcs.anl.gov/WIT2/Sentra/

★ICN,離子通道網絡，是由美國神經科學數據庫中心等單位聯合創建的一個內容豐富的網頁。
http://pain.med.umn.edu/csn/

★Aaindex,氨基酸索引數據庫。
http://www.genome.ad.jp/aaindex/

蛋白質結構和分類數據庫:

★ PDB,蛋白質結構數據庫。
http://www.rcsb.org/pdb/

★ RCSB,結構生物信息學信息學合做研究組織。
http://www.rcsb.org/

★PDBNEW,下一版PDB庫正式發佈前收到的全新或更新條目。
http://www.pdb.bnl.gov/

★ PDBFinder,在PDB、DSSP、HSSP、基礎上創建的二級庫，包含PDB序列、做者、R因子、分辨率、二級結構等。
http://www.sander.embl-heidelberg.de/pdbfinder/

ftp://swift/embl-heidelberg.de(/pdbfinder)

★ PDB at a Glance清單。
http://cmm.info.nih.gov/modeling/pdb_at_a_glance.html

★ PDBselect數據庫。
http://swift.embl-heidelberg.de/pdbsel/

★ PDBsum是PDB庫中數據的更便於閱讀的總結和分析，以及一些衍生數據。
http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/pdbsum/index.html

★ BioMagResBank簡稱BMRB，是關於多肽、蛋白質和核酸的核磁共振數據庫。
http://www.bmrb.wisc.edu/

★ CSD,劍橋結構數據庫。
http://www.ccdc.cam.ac.uk/prods/csd.html

★ NRL-3D,三維結構已經肯定的蛋白質序列庫。
http://www.gdb.org/Dan/proteins/nr13d.html

★ FAMBASE,,是每一個蛋白質家族的表明序列的集合，它有助於加速同源性搜索。
http://pir.georgetown.edu/pirwww/dbinfo/fambase.html

★ ProtFam,蛋白質超家族的序列聯配數據庫。
http://www.mips.biochem.mpg.de/proj/protfam/protfam/

★ SCOP,蛋白質結構分類數據庫。
http://www.ipc.pku.edu.cn/scop/

★ CATH,蛋白質結構與功能關係分類數據庫。
http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/cath/

★ PIR-ALN,蛋白質序列聯配數據庫。
http://www-nbrf.georgetown.edu/pir/alndb.html

★ 3Dee,蛋白質結構域定義的數據庫。
http://circinus.ebi.ac.uk:8080/3Dee/

★ ProTherm,蛋白質及其變異體熱力學數據庫。
http://www.rtc.riken.go.jp/protherm.html

★ ASTRAL是基於SCOP數據庫的一組分析蛋白質結構和蛋白質序列的數據庫和工具。
http://astral.stanford.edu/

★ RESID,蛋白質翻譯後修飾狀況的數據庫。
http://pir.georgetown.edu/pirwww/search/textresid.html

★ SMART是簡單模塊構架搜索工具的縮寫。
http://SMART.embl-heidelberg.de/

★ PROMISE數據庫。
http://bmbsgi11.leeds.ac.uk/bmbknd/promise/MAIN.html

★ MMDB蛋白質分子模型數據庫。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/

★ VAST矢量聯配搜索工具。
http://swift.embl-heidelberg.de/dssp/

★ DSSP,PDB庫中全部蛋白質條目的二級結構歸屬數據庫。
http://swift.embl-heidelberg.de/dssp/

★ HSSP,按同源性導出的蛋白質二級結構數據庫。
http://www.sander.embl-heidelberg.de/hssp/

★ Dali/FSSP,基於PDB數據庫中現有蛋白質三維結構，用自動結構對比程序Dali逐一比較而造成的摺疊單元和家族分類庫。
http://www.embl-ebi.ac.ul/dali/

http://croma.ebi.ac.uk/dali/fssp/

★ 3d_ali數據庫，蒐集彼此相關的蛋白質序列和結構數據。
http://www.embl-heidelberg.de/argos/ali/ali.html

★ DEF蛋白質摺疊類的預測數據庫。
http://zeus.cs.uoi.gr/neural/biocomputing/def.html

★ INFOGENE,Sanger中心計算基因組學小組維護的、各基因組測序計劃所提供的序列中已知的蛋白質和預測出的基因與蛋白質的數據庫。
http://genomic.sanger.ac.uk/inf/infodb.html

★ TMBase,跨膜蛋白數據庫。
ftp://ulrec3.unil.ch(/pub/tmbase)

★ PRESAGE是關於結構基因組學的一個數據庫，它爲庫中每一個蛋白質蒐集了反映當前實驗情況、結構、模型和研究建議的註釋。
http://presage.stanford.edu/

★ SBASE,帶有註釋的蛋白質序列片、即蛋白質結構域的數據庫，由ICGEB創建和維護。
http://www.icgeb.trieste.it/sbase/

★ InterPro,集成的蛋白質結構域和功能位點數據庫。
http://www.ebi.ac.uk/interpro/

★ HITS,瑞士新近創建的一個蛋白質結構域數據庫。
http://www.isrec.isb-sib.ch/cgi-bin/hits/hits_index

★ BLOCKS,蛋白質分類與同源性數據庫，包含蛋白質家族中保守區域的組塊多序列聯配的數據。
http://www.blocks.fhcrc.org/

★ BLOCKS+數據庫。
http://www.blocks.fhcrc.org/

★ PFAM高質量的蛋白質結構域家族數據庫。
http://www.sanger.ac.uk/Sorfware/Wise2/

★ PRINTS數據庫最近更名爲PRINTS-S，這是一個蛋白質家族的指紋和模體數據庫。
http://www.bioinfo.man.ac.uk/dbbrowser/PRINTS/

★ ProDom自動產生的蛋白質結構域家族數據庫。
http://www.toulouse.inra.fr/prodom.html

★ DOMO,蛋白質結構域數據庫。
http://www.infobiogen.fr/services/domo/

★ GRBase,這是參與基因調控的蛋白質的數據庫。
http://www.access.digex.net/~regulate/

★ PMD,蛋白質突變體數據庫。
http://pmd.ddbj.nig.ac.jp/

★ GLYCBASE,蛋白質糖基化位點數據庫。
http://www.cbs.dtu.dk/databases/OGLYCBASE/

★ ORDB嗅覺受體蛋白質序列數據庫。
http://ycmi.med.yale.edu/senselab/ordb/

★ CarbBank亦稱CCSD，複雜碳水化合物結構數據庫，一般與蛋白質結構數據庫歸在一塊兒。
http://www.ccrc.uga.edu

★ SWISS-3DIMAGE,蛋白質三維圖象和PDB瀏覽器。
http://www.expasy.ch/sw3d/

★ IMB,大分子三維圖象庫。
http://www.imb-jena.de/IMAGE.html

★ BioImage,多維生物學數據庫。
http://www-embl.bioimage.org/

★ MolMovDB,耶魯大學的生物信息學研究室維護的分子運動數據庫。
http://bioinfo.mbb.yale.edu/MolMovDB/

★ ModBase,蛋白質結構模型比較數據庫。
http://pipe.ruckefeller.edu/modbase/

比較基因組學和蛋白質組學數據庫:

★COG直系同源聚類數據庫。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG/

★GeneCensus,耶魯大學生物信息學研究室維護的各物種基因組的比較數據庫，着重於摺疊單元的結構對比。
http://ncbi.nlm.nih.gov/XREFdb/

★XREFdb,哺乳動物和模式生物的基因和遺傳學交叉引用數據庫。
http://ncbi.nlm.nih.gov/XREFdb/

★YPD,釀酒酵母蛋白質組數據庫。
http://www.proteome.com/YPDhome.html

★WormPD,線蟲蛋白質組學數據庫。
http://www.proteome.com/YPDhome.html

基因表達數據庫:

★Flyview,果蠅基因表達數據庫。
http://flyview.uni-muenster.de/

★Flybrain,果蠅神經系統圖譜和數據庫。
http://flybrain.uni-freiburg.de/

★NEXTDB,線蟲基因表達模式數據庫。
http://watsom.genes.nig.ac.jp:8080/db/

★MAGEST數據庫，其名字來自Maboya Gene Expression patters and Sequence Tags 短語的縮寫。
http://star.scl.kyoto-u.ac.jp/magest/

★BodyMap,人類和家鼠基因表達數據庫。
http://bodymap.ims.u-tokyo.ac.jp/

★Axeldb,非洲爪蟾基因表達數據庫。
http://www.dkfz-heidelberg.de/abt0135/axeldb.html

★XMMR,非洲爪分子標記資源。
http://vize222.zo.utexas.edu/

★TRIPLES,酵母基因功能數據庫，設在耶魯大學醫學院的基因組分析中心。
http://ygac.med.yale.edu/triples/

★MGEIR,集成的家鼠基因表達信息資源。
http://genex.hgu.mrc.ac.uk/

★GXD,家鼠基因表達數據庫。
http://www.informatics.jax.org/searches/gxdindex_form.html

★EpoDB,脊椎動物紅細胞生成基因表達分析數據庫。
http://cbil.humgen.upenn.edu/epodb/

★KidneyDB,腎臟發育數據庫。
http://www.ana.ed.ac.uk/anatomy/kidbase/kidhome.html

★ToothExp,牙齒基因表達數據庫。
http://honeybee.helsinki.fi/toothexp/toothexp.html

基因突變、病理和免疫數據庫:

★HGMD人類基因突變數據庫，可用於預測基因疾病。
http://uwcm.web.cf.ac.uk/uwcm/mg/hgmd0.html

★Marfan人類FBN1基因突變數據庫及分析軟件。
http://uwcm.web.cf.ac.uk/uwcm/mg/hgmd0.html

★Collagen人類膠原數據庫。
http://www.le.ac.uk//genetics/collagen/

★人類PAX2等位基因變異數據庫。
http://www.hgu.mrc.ac.uk/Softdata/PAX2/

★人類PAX6等位基因突變數據庫。
http://www.hgu.mrc.ac.uk/Softdata/PAX6/

★Androgen雄激素受體突變數據庫，包含與男性性器官發育不良、前列腺癌等有關圖譜，密度、頻度以及基因型和表現型關聯數據。
http://www.mcgill.ca/androgendb/

★ALFRED爲Allele FREquency Database 的縮寫。這是由耶魯大學K.K.Kidd實驗室維護的一個針對人口多樣性和DNA多態性的等位基因數據庫。
http://alfred.med.yale.edu/alfred/

★CD40LBASE,CD40L基因突變數據庫。
http://www.expasy.ch/cd40lbase/

★KMDB由日本慶應義塾大學醫學院創建的一組與人類疾病有關的基因突變數據庫。
http://mutview.dmb.med.keio.ac.jp/

★KMeyeDB人類疾病和眼病基因突變人類心臟病基因突變數據庫。
http://mutview.dmb.med.keio.ac.jp/mutview3/kmeyedb/

★KMearDB人類耳病基因突變數據庫。
http://mutview.dmb.med.keio.ac.jp/

★KMbrainDB人類腦病基因突變數據庫。
http://mutview.dmb.med.keio.ac.jp/

★KMcancerDB人類癌症基因突變數據庫。
http://mutview.dmb.med.keio.ac.jp/

★OMIA是一大批動物的孟德爾遺傳、疾病、基因型和表現型的數據庫。
http://wwwlangis.su.oz.au/BIRX/omia/omia_form.html

★Atlas法國創建的針對腫瘤學和血液學的遺傳與細胞遺傳交互數據庫。
http://www.infobiogen.fr/services/chromcancer/

★HAMSTeRS凝血因子VIII結構和突變位點數據庫。
http://europium.mrc.rpms.ac.uk/

★HaemB,B型血友病凝血因子IX點突變和短插入或刪除序列的數據庫。
http://www.umsd.ac.uk/molgen/haemBdbatabase.html

★TTMD轉基因動物和靶突變數據庫。
http://tbase.jax.org/

★FIMM功能分子免疫學數據庫。
http://sdmc.krdl.org.sg:8080/fimm/

MTB家鼠腫瘤生物學數據庫。

http://tumor.informatics.jax.org/

★BCGD人類乳腺癌基因數據庫。
http://condor.bcm.tmc.edu/ermb/bcgd/bcgd.html

★PAH是致使人類苯丙酮尿症的苯丙氨酸羥化酶特異位點數據庫。
http://www.mcgill.ca/pahdb/

★CFTR,囊性纖維變跨膜調控子突變數據庫。
http://genet.sickkids.on.ca/cftr/

★NRR核受體資源計劃，包括糖類皮酯激素、礦質腎上腺皮質激素、甲狀腺激素、維生素D受體、類固醇受體等信息的數據庫。
http://nrr.georgetown.edu/nrr/nrr.html

★IMGT1989年創建的國際免疫遺傳學數據庫。
http://imgt.cines.fr:8104/

★HIG,Anthony Nolan 骨髓和白血病基金會的人類白細胞抗體HLA住處30年前由E.A.Kabat創建的具備免疫學意義的蛋白質序列數據庫。
http://www.anthonynolan.com/HIG/

★PEDB前列腺表達數據庫。
http://www.mbt.washington.edu/PEDB/

★HIV,艾滋病分子免疫學數據庫。
http://hiv-web.lanl.gov/immunology/immuno-main.html

★斯坦福大學的HIV RT數據庫，包含幾乎所有已發表的HIV　ＲＴ和蛋白酶序列，是研究抗HIV藥物靶分子演化和與藥物有關變化的原始資料。
http://hivdb.stanford.edu.hiv/

代謝途徑和細胞調控數據庫:
★ WIT是Ｗhat Is There的縮寫。是美國阿貢國家實驗室的一個集成的重構代謝途徑和模型的系統。
http://www.cme.msu.edu/WIT/

★ EMP是酶與代謝途徑的縮寫。
http://biobase.com/emphome.html/

★ MPW代謝途徑數據庫，是EMP庫的一個子集。
http://www.cme.msu.edu/MPW/

★ PUGA原是單細胞生物代謝途徑親緣聯配數據庫。
http://www.msc.anl.gov/home/compbio/PUMA/

★ EcoCyc數據庫和MetaCyc數據庫。
http://ecocyc.panbio.com/ecocyc/

★ PathDB,代謝途徑數據庫。
http://www.ncgr.org/Software/pathdb/

★ KEGG,京都基因與基因組百科全書，它包含核酸分子、蛋白質序列、基因表達、基因組圖譜、代謝途徑圖等。
http://www.genome.ac.jp/kegg/

★ 由Boehringer Mannheim公司提供的代謝途徑圖，懸掛在許多生化實驗室的牆壁上。
http://www.expasy.ch/cgi-bin/search-biochem-index/

★ SMILES是一個輔助性數據庫，它蒐集與代謝途徑有關的化合物名稱。
http://www.daylight.com/dayhtml/smiles/

★ LIGAND,酶反應化學數據庫，由日本京都大學化學研究所維護。
http://www.genome.ad.jp/htbin/show_man?ligand

★ CSNDB細胞中信號網絡的數據庫。
http://geo.nihs.Go.jp/csndb/

★ Biocatalysis/Biodegradation生物催化和生物降解數據庫。
http://dragon.labmed.umn.edu/~lynda/index.html

★美國農業部國家農業圖書館基因組信息系統，它自己的服務器基於AceDB。
http://probe.nalusda.gov:8000/

★ARS農業研究服務處新設立在康奈爾大學的USDA-ARS生物信息學和比較基因組學中心，ARS是Agricultural Research Service的縮寫。
http://ars-genome.cornell.edu/

★AgDB農業數據庫和信息資源總清單。
http://www.agnic.org/agdb/

★設在英國愛丁堡的Roslin研究所的生物信息組，發展了名爲「方舟」的系統來蒐集和比較各類動物基因圖譜。
http://www.ri.rrsrc.ac.uk/cgi-bi ... swer.sh?species=pig

★INRA法國國家農業研究所。
http://locus.joun.inra.fr/

★美國得克薩斯A&M大學是牛類基因圖譜數據庫的原始網址和綿羊、馬數據庫的鏡象點：
http://bos.cvm.tamu.edu

★美國衣阿華州立大學有豬和雞基因圖譜數據庫的鏡象點：
http://www.genome.iastats.edu

農做物:

★UK CropNet英國農做物植物生物信息網絡。
http://synteny.nott.ac.uk/

★INE水稻基因數據庫。
http://www.staff.or.jp/giot/INE.html

★我國水稻基因組計劃針對水稻的秈稻亞種。
http://www.ncgr.ac.cn/

★美國TIGR研究所維護着幾個與水稻基因組有關的數據庫，包括基因組註釋庫、重複序列庫，以及基因索引。
http://www.tigr.org/tdb/rice/

★RiceGenes是美國康奈爾大學的水稻基因組數據庫。
http://ars-genome.cornell.edu/ricd/

★GrainGenes是美國農業部和國家農業圖書館的植物基因組計劃支持的麥、燕麥和甘蔗遺傳數據庫。
http://ars-genome.cornell.edu/

★關於世界範圍的水稻生產和市場等狀況。
http://www.riceweb.org/

★ WHEAT小麥基因圖譜數據庫。
http://wheat.pw.usda.gov/

★KOMUGI日本小麥網。是由6所大學和研究所聯合維護。
http://www.shigen.nig.ac.jp/wheat/top.html

★MaizeDB玉米基因組數據庫。
http://www.agron.misouri.edu/top.html

★ZmDB玉米基因組數據庫。
http://zmdb.iasstate.edu/

★ILDIS國際豆科植物數據庫和信息服務。
http://www.ildis.org/LegumeWeb/

★豆類基因圖譜：
http://scaffold.biologie.uni-kl.de/Beanref/

★MGI,NCGR和Samuel Roberts Noble基金會聯合開展的豆科苜蓿屬植物Medicago truncatula的基因組研究，在2000年４月已經提交15000多條EST。
http://www.ncgr.org/research/mgi/

★cottonDB美國南方平原農業研究中心所維護的棉花數據庫。
http://algodon.tamu.edu/

★TreeGenes樹木遺傳圖譜數據庫。
http://probe.nalusda.gov:8000/plant/abouttreegenes.html

基因組信息分析

1．基因組序列信息的提取和分析
dbEST http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST/index.html
UniGene http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entr ... arch&DB=unigene
Transcription factor databasehttp://transfac.gdb.de/TRANSFAC/)
基因組信息分析
2．功能基因組相關信息分析
NCBIhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/
Entrezhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez
OMIMhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=OMIM)

蛋白質組學相關信息分析

SWISS-2DPAGE http://us.expasy.org/ch2d/
SIENA-2DPAGEhttp://www.bio-mol.unisi.it/2d/2d.html
Human 2D-PAGE Databaseshttp://proteomics.cancer.dk/
PROSITEhttp://us.expasy.org/prosite/
PRINTShttp://bioinf.man.ac.uk/dbbrowser/PRINTS/
Pfam（http:// www.sanger.ac.uk/Software/Pfam/
Blocks(http:// www.blocks.fhcrc.org/)
SWISS-PROT蛋白質序列庫http://us.expasy.org/sprot/)

大分子結構模擬和藥物設計生物信息分析

PDB http://www.rcsb.org/pdb/);
SCOP http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/)
CATHhttp://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/cath/);
SWISS-3DIMAGEhttp://us.expasy.org/sw3d/)
DSSP http://www.sander.ebi.ac.uk/dssp/)

PDBsumhttp://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/pdbsum/)

核酸序列的預測分析

重複序列分析

CENSORhttp://www.girinst.org/
RepeatMaskerhttp://ftp.genome.washington.edu/cgi-bin/RepeatMasker
XBLAST程序http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/

核酸序列的預測分析

數據庫搜索
NCBI的BLASThttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/

編碼區統計特性分析:
GRAILhttp://compbio.ornl.gov/Grail-1.3/
GenMARKwww.genmarkag.com/
tRNAscan-SEhttp://www.genetics.wustl.edu/eddy/tRNAscan-SE/
GENSCANhttp://genes.mit.edu/GENSCAN.html

蛋白質結構和功能的預測分析

預測蛋白質的物理性質

ExPASyhttp://www.expasy.ch/tools/
PROPSEARCHhttp://www.embl-heidelberg.de/prs.htm
SAPShttp://www.isrec.isb-sib.ch/software/SAPS_form.html

蛋白質二級結構預測 :

NnPredicthttp://www.cmpharm.ucsf.edu/~nomi/nnpredict.html
PredictProtein（國內鏡像）：http://www.cbi.pku.edu.cn/predictprotein/

Tmpred http://www.ch.embnet.org/software/TMPRED_form.html
SignalPhttp://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/

蛋白質三維結構預測 :

SWISS-MODELhttp://www.expasy.ch/swissmod/SWISS-MODEL.html
PSI-BLAST http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/

家畜和家禽:

★ChickGBASE雞基因圖譜計劃，蒐集全世界雞基因圖譜信息。
http://www.ri.bbsrc.ac.uk/chickmap/chickgbase/manager.html

★Swimemap豬基因圖譜計劃，飲食店染色體圖譜和標記。
http://sol.marc.usda.gov/genome/swine/swine.html

★PiGBASE,豬基因圖譜信息庫。
http://www.ri.bbsrc.ac.uk/pigmap/arkpig/

★SheepBase已發表的綿羊基因位點數據庫。
http://dirk.invermay.cri.nz/

★Goatmap,山羊基因圖譜數據庫。
http://locus.jouy.inra.fr/

★HorseMap馬基因圖譜數據庫。
http://locus.jouy.inra.fr/

★Bovmap法國的牛基因圖譜數據庫。
http://locus.jouy.inra.fr/cgi-bin/bovmap/intro.pl

★BovBase英國的牛基因圖譜數據庫。
http://www.ri.bbsrc.ac.uk/bovmap/arkbov/

★BovGBASE美國農業部的家畜基因組圖譜計劃中的牛基因數據庫。
http://probe.nalusda.gov:8000/animal/aboutbovgbase.html

★Buffmap水牛基因圖譜數據庫。
http://locus.jouy.inra.fr/

★DogMap狗基因圖譜數據庫。
http://ubeclu.unibe.ch/itz/dogmap.html

★CatMap貓基因圖譜數據庫。
http://www.ri.bbsrc.ac.uk/catmap/ark/

生物醫學文獻數據庫

★MEDLINE是美國國家醫學圖書館的文獻摘要庫，反映美國及其餘國家3800多種醫學和生物期刊的做者摘要和引用狀況。
http://www.nlm.nih.gov/dtabases/medline.html
★最爲方便的查詢MEDLINE的方式，是經過NCBI的PubMed服務：
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/PubMed/
★SeqAnalRef這是由A.Bairoch我的維護的有關序列分析的文獻目錄。
http://www.espasy.ch/seqanalref/
★SCI是設在美國費城的科學信息研究所所提供的文獻引用狀況的檢索服務。
http://webofscience.com/
★CancerWeb癌症網頁：
http://www.graylab.ac.uk/cancerweb.html
★HUMAT人體解剖學數據庫。
http://ed.ac.uk/anatomy/database/humat/
★KeyNet按生物序列功能組織的基因和蛋白質名稱關鍵字庫。
http://www.ba.cnr.it/keynet.html/
★BioABACUS生物學與生物技術以及計算機科學縮寫字表。
http://www.nmsu.edu/~molbio/bioABACUShome.html

其餘數據庫:

★ Taxonomy分類學數據庫。
http://www3.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/tax.html

★ ETI世界生物多樣性數據庫設在荷蘭的分類鑑定專家中心。
http://www.eti.uva.nl/

★ 位於美國麻省的Woods Hole海洋生物研究室有一個海洋動物數據庫。
http://www.mbl.edu/

★ TAED適應性演化數據庫。
http://www.sbc.su.se/~liberles/TAED.html

★Integrated Database Retrieval Systems

★Entrez
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez/default.htm

★Sequence Retrieval System (SRS)
http://www.seqnet.dl.ac.uk/srs/srsc

★The Institute for Genomic Research (TIGR), Human Gene Index (HGI) Sequence Search
4-1-2-DDPDE/USA
http://www.tigr.org/tdb/hgi/searching/hgi_seq_search.html
Search for nucleotides and peptides.

★TIGR HGI Reports
3-1-2-DDcW/USA
http://www.tigr.org/tdb/hgi/searching/hgi_info.html
Retrieve sequences identified by EST ID, GenBank number etc.

★TIGR HGI Gene Expression Data
4-2-1-DDcW/USA
http://www.tigr.org/tdb/hgi/searching/hgi_xpress_search.html
Search for tissue specific transcripts e.g. "lung". cDNA libraries can also be searched.

★TIGR HGI Name Search
5-1-2-DDW/USA
http://www.tigr.org/tdb/hgi/searching/hgi_name_search.html
Search for a sequence by the name of a gene product e.g. insulin.

★Genome Database (GDB)
http://hgmp.mrc.ac.uk/gdb or http://gdbwww.gdb.org/default.htm
Funding for this project has been withdrawn. This valuable database will remain online, but it should be noted that no new entries will be recorded after 31st July 1998.

序列列線

★Analysis and Annotation Tool for Finding Genes in Genomic Sequences
5-3-2-DcDPDFWE/USA
http://genome.cs.mtu.edu/aat.html
Identifies genes in a DNA sequence by comparing it to cDNA and protein sequence databases (including those at HGI, TIGR, dbEST, Swiss-Prot and nr).

★Pairwise Sequence Alignment
3-4-2-DcUPUFWE/USA
http://genome.cs.mtu.edu/align/align.html
Computes the global alignment between two sequences. Compare DNA with DNA, cDNA or protein. For DNA and cDNA, settings (gap open penalty, gap extension etc.) can be defined.

★Multiple Sequence Alignemnt with MAP
4-3-2-DcUPUFWE/USA
http://genome.cs.mtu.edu/map/map.html
Calculates the global alignment of DNA or protein sequences using an algorithm which computes the best overlapping alignment without penalising terminal gaps. Long internal gaps in short sequences are not penalised.

★Network Protein Sequence Analysis
5-4-1-PUW/France
http://pbil.ibcp.fr/NPSA/npsa_clustalw.html
ClustalW multiple sequence alignment.

★ALIGN
5-1-1-DUPUWE/France
http://www2.igh.cnrs.fr/bin/align-guess.cgi or http://genome.eerie.fr/fasta/align-query.html
Applies the BLOSUM50 matrix to deduce the optimal alignment between two sequences.

★Multiple Sequence Alignment with Hierarchial Clustering
5-5-3-PUW/France
http://www.toulouse.inra.fr/multalin.html
Sequence alignment with a colour output where differing or similar amino acids in the alignment can be highlighted.

★Colour INteractive Editor for Multiple Alignments (CINEMA)
http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/dbbrowser/CINEMA2.1/default.htm
A comprehensive and popular site. Allows the user to visualise and manipulate aligned protein sequences.
Makes use of Java. I recommend you access this site from a fast workstation!

★VSNS BioComputing Division Multiple Alignment Resource Page
http://www.techfak.uni-bielefeld.de/bcd/Curric/MulAli/default.htm
An excellent, comprehensive resource for multiple sequence alignment, software and tutorials.

新序列發送:

★EMBL
http://www.ebi.ac.uk/subs/emblsubs.html

★BankIt (GenBank)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/default.htm