linux anaconda中mkl庫的一個坑

問題

anaconda3中默認連接了一個本身的mkl庫。代碼中使用到mkl時，會報如下錯誤:

INTEL MKL ERROR: ~/anaconda3/envs/py27/bin/../lib/libmkl_avx2.so: undefined symbol: mkl_sparse_optimize_bsr_trsm_i8.
Intel MKL FATAL ERROR: Cannot load libmkl_avx2.so or libmkl_def.so.

解決方法

從現象看是找不到符號表。檢查envs/py27/lib/目錄，能夠看到libmkl*開頭的lib有好多。至少libmkl_avx2.so 和 libmkl_def.so都在。排除缺乏庫的問題。

nm -D 查看libmkl開頭的庫，能夠看到mkl_sparse_optimize_bsr_trsm_i8這個symbol出現了不少次，帶實現的也有，找不到符號怎麼看都不該當。

去anaconda官方文檔看了下。有提到mkl模式默認安裝的，若是出問題建議安裝nomkl這個包，而後卸載全部mkl,mkl-service兩個包。這個方法實際是用另外一個一樣功能的庫取代mkl。部分應用場景能解決問題，而後個人問題用該方法不能解決。

find libmkl試了下，發如今anaconda3/lib/目錄下也有mkl相關的lib，並且多了一個libmkl-core.so的so，查了下，這個是mkl官方的包。對比了env下的mkl和這個mkl包的區別，發現不少包都是不同大小的，想到之前作嵌入式開發時遇到的包中的符號表被刪除的現象，決定使用這個官方包試試。

設置LB_PRELOAD環境變量，使用如下兩個包替換默認的env下的包，問題解決。

export LD_PRELOAD=~/anaconda3/lib/libmkl_core.so:~/anaconda3/lib/libmkl_sequential.so