GWAS羣體分層校訂，該選用多少個PCA

前言

關於選用多少個PCA作羣體分層校訂，各大期刊並無一個統一的說法。 故作了以下綜述。

1 爲所欲爲型，想選多少就選多少

PCA想選多少就選多少，這個真的不是開玩笑。有文獻出處有真相！

好比下面文獻直接選用10個PCA校訂羣體分層。

Largest GWAS of PTSD (N=20070) yields genetic overlap with schizophrenia and sex differences in heritability

好比選用前5個主成分校訂羣體分層。

Accounting for Population Stratification in Practice: A Comparison of the Main Strategies Dedicated to Genome-Wide Association Studies

好比選用前3個主成分校訂羣體分層。

GWAS identifies novel SLE susceptibility genes and explains the association of the HLA region

好比選用前2個主成分校訂羣體分層。

GWAS analysis of suicide attempt in schizophrenia: Main genetic effect and interaction with early life trauma

2 經過EIGENSTRAT軟件肯定顯著的主成分

經過EIGENSTRAT軟件計算主成分

計算各個主成分是否有顯著的統計學意義

將P值小於0.05的主成分歸入羣體分層校訂中。

以下圖所示，主成分1和2是顯著影響羣體結構的（P<0.05），作關聯分析時須要歸入協變量中

 

此類作法參考文獻：

GWAS Identifies Novel Susceptibility Loci on 6p21.32 and 21q21.3 for Hepatocellular Carcinoma in Chronic Hepatitis B Virus Carriers